DNAとRNAシークエンシングデータを用いた統合変異解析ツールの開発

使用 DNA 和 RNA 测序数据开发集成突变分析工具

• 批准号: 21K12117
• 负责人: 上野 敏秀
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Cancer Center Japan
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K12117/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 融合遺伝子検出; 変異解析; ゲノム解析; DNA・RNAシークエンシング

DNAとRNAサンプルからのゲノム異常検出を行う統合的解析パイプラインの開発のうち、本年度はRNAサンプルから融合遺伝子検出プログラムの作成を行った。STAR-FusionやArribaなど融合遺伝子検出ツールが数多く公開されている現在、定型的な解析であれば困らないが、融合点に介在配列を含むような融合遺伝子を検出したい、とか、Internal Tandem Duplication (ITD)も検出したい（一部のツールは検出可能である）、など既存ツールでは対応できない解析もできるよう拡張を行った。リファレンス配列は、ゲノムではなく、前処理を行ったトランスクリプト配列を使用し、偽陽性や偽陰性を防ぐ工夫をしている。融合遺伝子検出は融合点が定まるものを対象とし、多くのサンプルで検出されるような候補についてはブラックリスト化して除去する機能も設計した。検出感度（検出リード数）は、既存のツールたちよりも良好であるが、計算時間は既存ツールよりも多めなため、高速化に向けて改善を行いたい。結果リストの中には、実際に検出されたリードを載せているので、配列ベースでの確認はUCSCのblatのページなどから手動で確認可能することができるが、それとは別に、検出した融合遺伝子候補のリファレンスをダイナミックに作成し、Integrative Genomics Viewer (IGV)を通して融合遺伝子配列にリードがマップしているキャプチャー画像を取得できる機能も開発した。検出状況を視覚的に確認することは、偽陽性排除や信頼度を上げることに役立つものである。

DNA and RNA fusion gene detection and analysis of abnormal DNA and RNA fusion gene detection and analysis. STAR-Fusion ARRIBA ™ Fusion Duplication (ITD) ™ Fusion Duplication ™ STAR-Fusion ARRIBA ™ Fusion Duplication ™ STARRIBA ™ Fusion ™ STARAR For example, if you want to use a false positive or false negative, you can use a false positive or false negative. The fusion sub-detector is designed to detect the fusion point, select the target object, and select the candidate object. The detection sensitivity (detection number) is good, the calculation time is good, and the speed is high. Results: In the middle of the list, the actual number of entries was checked, the number of entries was confirmed, the number of entries was confirmed, the number of entries was confirmed manually, the number of entries was confirmed, the number of entries was confirmed manually, the number of entries was confirmed, the number of entries was confirmed, The Integrated Genomics Viewer (IGV) enables you to access the Fusion Genomics Array, and to access the Portrait. Check out the status of the visual confirmation, false positive exclusion, confidence, and the status of the visual confirmation.

项目成果

Comprehensive functional evaluation of variants of fibroblast growth factor receptor genes in cancer.

• DOI: 10.1038/s41698-021-00204-0
• 发表时间: 2021-07-16
• 期刊: NPJ precision oncology
• 影响因子: 7.9
• 作者: Nakamura IT;Kohsaka S;Ikegami M;Ikeuchi H;Ueno T;Li K;Beyett TS;Koyama T;Shimizu T;Yamamoto N;Takahashi F;Takahashi K;Eck MJ;Mano H
• 通讯作者: Mano H

Highly sensitive fusion detection using plasma cell-free RNA in non-small-cell lung cancers.

• DOI: 10.1111/cas.15084
• 发表时间: 2021-10
• 期刊: Cancer science
• 影响因子: 5.7
• 作者: Hasegawa N;Kohsaka S;Kurokawa K;Shinno Y;Takeda Nakamura I;Ueno T;Kojima S;Kawazu M;Suehara Y;Ishijima M;Goto Y;Kojima Y;Yonemori K;Hayashi T;Saito T;Shukuya T;Takahashi F;Takahashi K;Mano H
• 通讯作者: Mano H

Multi-omic profiling of peritoneal metastases in gastric cancer identifies molecular subtypes and therapeutic vulnerabilities

• DOI: 10.1038/s43018-021-00240-6
• 发表时间: 2021-08-16
• 期刊: NATURE CANCER
• 影响因子: 22.7
• 作者: Tanaka, Yosuke;Chiwaki, Fumiko;Mano, Hiroyuki
• 通讯作者: Mano, Hiroyuki

PD-1 blockade therapy promotes infiltration of tumor-attacking exhausted T cell clonotypes

• DOI: 10.1016/j.celrep.2022.110331
• 发表时间: 2022-02-01
• 期刊: CELL REPORTS
• 影响因子: 8.8
• 作者: Nagasaki, Joji;Inozume, Takashi;Togashi, Yosuke
• 通讯作者: Togashi, Yosuke

Lactic acid promotes PD-1 expression in regulatory T cells in highly glycolytic tumor microenvironments

• DOI: 10.1016/j.ccell.2022.01.001
• 发表时间: 2022-02-14
• 期刊: CANCER CELL
• 影响因子: 50.3
• 作者: Kumagai, Shogo;Koyama, Shohei;Nishikawa, Hiroyoshi
• 通讯作者: Nishikawa, Hiroyoshi