Development for automatic data analysis of large-scale glycomics

本課題では, グライコミクス支援ソフトウェアToolbox Accelerating Glycomics (TAG)の開発を推し進め, 多くのグライコームに対応した自動データ解析の基盤を構築する事にある. 本課題では(1)糖鎖リストの充実, (2)機種依存のできる限りの解消など本体の機能拡張, (3)糖鎖生合成マップの拡張を進める事としている.本年度は, 大規模血清コホートの解析に資するための開発が大きなウエイトを占めた. (1)N型糖鎖については最近ヒト血清中で発見されたLacDiNAcやM5より多くのマンノースを有するハイブリッド構造などを生成できるよう追加した. (2)については, 糖鎖帰属の安定性の向上, 帰属した糖鎖から1および2残基増減した糖鎖(linked-glycan)の帰属情報をサマリーファイルに追加した. この情報は生合成経路と発現量変動などを結び付けるための基本情報になる. 生命科学的な糖鎖の機能解明に役立つだけでなく, 帰属上も生合成の流れを追う事でより信頼できる帰属を可能とする. さらに, 1プレート384サンプルを一斉に解析する際に, 384個すべての出力ファイルに解析上のメタ情報を入力するのは煩雑でミスが起きやすいため, 384スポットを模倣したエクセルシートに対して各スポット対応するセルに濃度やラベルなどの情報を収めたファイルからメタ情報を自動で生成する機能を追加した. 同じ条件のサンプルを毎回同じスポットに点着するようなルーティンでの手間を劇的に軽減する. (3)については, 今年度の研究の中で議論し, 生命科学的な見方としては, まず, シアル酸全体がどのように変動したかを把握することが重要であるという見解に到達した. そこで, シアル酸の情報をひとまとめにして生合成経路上の糖鎖の発現変動をマップする指針が立てられた.

本課題では, グライコミクス支援ソフトウェアToolbox Accelerating Glycomics (TAG)の開発を推し進め, 多くのグライコームに対応した自動データ解析の基盤を構築する事にある. 本課題では(1)糖鎖リストの充実, (2)機種依存のできる限りの解消など本体の機能拡張, (3)糖鎖生合成マップの拡張を進める事としている.本年度は, 大規模血清コホートの解析に資するための開発が大きなウエイトを占めた. (1)N型糖鎖については最近ヒト血清中で発見されたLacDiNAcやM5より多くのマンノースを有するハイブリッド構造などを生成できるよう追加した. (2)については, 糖鎖帰属の安定性の向上, 帰属した糖鎖から1および2残基増減した糖鎖(linked-glycan)の帰属情報をサマリーファイルに追加した. この情報は生合成経路と発現量変動などを結び付けるための基本情報になる. 生命科学的な糖鎖の機能解明に役立つだけでなく, 帰属上も生合成の流れを追う事でより信頼できる帰属を可能とする. さらに, 1プレート384サンプルを一斉に解析する際に, 384個すべての出力ファイルに解析上のメタ情報を入力するのは煩雑でミスが起きやすいため, 384スポットを模倣したエクセルシートに対して各スポット対応するセルに濃度やラベルなどの情報を収めたファイルからメタ情報を自動で生成する機能を追加した. 同じ条件のサンプルを毎回同じスポットに点着するようなルーティンでの手間を劇的に軽減する. (3)については, 今年度の研究の中で議論し, 生命科学的な見方としては, まず, シアル酸全体がどのように変動したかを把握することが重要であるという見解に到達した. そこで, シアル酸の情報をひとまとめにして生合成経路上の糖鎖の発現変動をマップする指針が立てられた.