リンゴ自家不和合性機構の解明と栽培育種への展開

点击翻译按钮获取中文摘要

自家不和合性に関わる17番染色体上の機能性SFB遺伝子ならびに9番染色体上に存在する新奇機能性SFB遺伝子の同定に際しては、リンゴ品種毎の染色体レベルのゲノム解析が必要である。本年度は、ナノポアシーケンスによるゲノム解読に向け、NucleoBond HMW DNA（タカラバイオ）を用いてS1S20アリルを有する‘祝’、S20S24アリルを有する’Rome Beauty’、S1S24アリルを有する‘夏錦’、ならびにS3S7アリルを有する‘JPP35’の葉から高分子量DNAを抽出した。しかしながらOxford Nanopore社での研究分担者所属先変更情報の更新に数ヶ月の時間を要するという想定外の事態に直面し、当該年度内でナノポアシーケンサーMinIONによるシーケンスデータの取得が完了した品種は‘JPP35’のみに留まった。なお‘JPP35’のナノポアシーケンスではリンゴのゲノムサイズの約60倍に相当する約28.9GBの配列を取得できており、残る３品種でも同等のデータ量を確保すれば予定していた解析は実施可能と判断された。また、DDBJなどのデータベースからS-RNaseアミノ酸配列データを取得し、系統解析の結果を基にS-allele表記について統一番号を割り付けた。野生種のS遺伝子標記の始めにwを付けて栽培種と識別するとともに、データベース並びに文献情報を基に追加・修正した1000品種以上（新たにS遺伝子型が同定された中国のリンゴ150品種を含む）のS遺伝子型情報を電子ファイル化した。