Functional analysis of skin microbiome of fish

本研究では、メタゲノム解析により魚類体表細菌の機能的特徴を推定すると共に、魚類体表への細菌の定着性に関する機能について、飼育実験による評価を予定している。実験の都合により、後半に計画していた内容を前半に実施することになった。22年度は、魚類体表微生物の魚類体表への定着性の評価を実施した。アユの体表粘液から体表常在菌の培養を行なった。数種類の魚類体表細菌を選択し、定着性に関する飼育実験を行なった。魚類体表細菌をアユ稚魚の水槽に添加した。止水にして24時間菌株に暴露した。その後、水替えののち流水飼育を再開、一定期間ののちに魚から体表粘液を取得した。体表粘液からDNAを抽出し、リアルタイムPCRや16S rRNA遺伝子を対象にしたアンプリコン解析を実施した。その結果、菌株Aにおいては、暴露終了後2日後には体表粘液中の微生物叢の17%を占めていた。暴露終了後6日後には全体の２％と減少していたが、体表粘液中に残存していることが確認された。一方で菌株Bにおいては、2日後には0.02%、 6日後には0.2%であり、検出されたものの存在量は少なかった。以上より、魚類体表への定着性の高い株と低い株を得ることができた。今後はこれらについて詳細なゲノム解析を進めていく予定である。またこれらの菌株については魚類への毒性は確認されなかった。近年、魚類体表細菌叢コントロールによる魚類の健康管理技術開発が注目されているが、本研究成果はそのために重要な基礎知見を与えるものになる。

本研究では、メタゲノム解析により魚類体表細菌の機能的特徴を推定すると共に、魚類体表への細菌の定着性に関する機能について、飼育実験による評価を予定している。実験の都合により、後半に計画していた内容を前半に実施することになった。22年度は、魚類体表微生物の魚類体表への定着性の評価を実施した。アユの体表粘液から体表常在菌の培養を行なった。数種類の魚類体表細菌を選択し、定着性に関する飼育実験を行なった。魚類体表細菌をアユ稚魚の水槽に添加した。止水にして24時間菌株に暴露した。その後、水替えののち流水飼育を再開、一定期間ののちに魚から体表粘液を取得した。体表粘液からDNAを抽出し、リアルタイムPCRや16S rRNA遺伝子を対象にしたアンプリコン解析を実施した。その結果、菌株Aにおいては、暴露終了後2日後には体表粘液中の微生物叢の17%を占めていた。暴露終了後6日後には全体の２％と減少していたが、体表粘液中に残存していることが確認された。一方で菌株Bにおいては、2日後には0.02%、 6日後には0.2%であり、検出されたものの存在量は少なかった。以上より、魚類体表への定着性の高い株と低い株を得ることができた。今後はこれらについて詳細なゲノム解析を進めていく予定である。またこれらの菌株については魚類への毒性は確認されなかった。近年、魚類体表細菌叢コントロールによる魚類の健康管理技術開発が注目されているが、本研究成果はそのために重要な基礎知見を与えるものになる。