Development of FISH probes by microsatellite sequences to visualize the reticulate evolution of Acropora corals.

通过微卫星序列开发 FISH 探针，以可视化鹿角珊瑚的网状演化。

• 批准号: 22K05820
• 负责人: 久保田 賢
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kochi University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05820/
• 关键词: マイクロサテライト; 網状進化; ミドリイシ属サンゴ; FISH分析; 染色体; FISH; マイクロサテライト配列

2022年度は，夏季のミドリイシ属サンゴの産卵時期（例年7月～9月の下弦前後）の天候不順により，クシハダミドリイシ等の一部の種については試料収集が可能であったものの，交雑実験の実施のために十分な試料を得ることはできなかった。マイクロサテライト領域のFISH（蛍光in situハイブリダイゼーション）分析用プローブの開発について，上記のとおり胚試料が採取できたこと，全ゲノム配列情報が公的データベースに登録されていることなどから，クシハダミドリイシに焦点を絞り，”Tandem Repeats Finder”プログラムを用いて，繰り返し配列の網羅的分析を実施して繰り返し配列のリストを作成した。その結果，全205種の繰り返し配列が検出された。コピー数については，そのうち187種の配列について，500以下であることが分かったが，1500～2000コピー存在するものも2種存在した。また，繰り返し配列長については，500 bp長まで万遍なく分布していた。FISH分析では一般的に，1,000 bp以下のサイズのプローブではたとえゲノムDNAとの配列の類似性が高くてもシグナルが弱く，対象物の検出が困難である。そこで，FISHプローブ開発の候補として，繰り返し数と繰り返し配列長の積を計算し，その分布を確認した。その結果，10,000～15,000 bpのサイズのものが118種，15,000～20,000 bpのものが44種，20,000～25,000 bpのものが23種と，FISHプローブとしては十分な長さを有していることが判明した。ここで得られた配列については，繰り返し配列の外側の配列（繰り返しでない）が判明しているため，その部分でPCRプライマーを設計し，FISHプローブを作成するとともに，繰り返し配列部分について，約30 bpの合成ヌクレオチドに蛍光標識をしたものも作成してFISH分析を行なった。しかしながら，どのプローブについてもシグナルを検出することができなかった。

2022 annual は, summer の ミ ド リ イ シ genus サ ン ゴ の spawning period (from July to September cases の) before and after the bottom chord の weather bad に よ り, ク シ ハ ダ ミ ド リ イ シ の a の types of に つ い て は sample 収 set が may で あ っ た も の の, alternating 雑 be 験 の be applied の た め に very な sample を have る こ と は で き な か っ た. マ イ ク ロ サ テ ラ イ ト field の FISH (蛍 light in situ ハ イ ブ リ ダ イ ゼ ー シ ョ ン) analysis with プ ロ ー ブ の open 発 に つ い て, written の と お り embryo sample が take で き た こ と, full ゲ ノ ム match column intelligence が male デ ー タ ベ ー ス に login さ れ て い る こ と な ど か ら, ク シ ハ ダ ミ ド リ イ シ を ground り に focus," Tandem Repeats the Finder "プ ロ グ ラ ム を with い て, Qiao り return し match column の snare analysis を be applied し て Qiao り return し match column の リ ス ト を made し た. Youdaoplaceholder0 そ as a result, all 205 kinds of hikari koji are rearranged in が検 out of された. コ ピ ー number に つ い て は, そ の う ち 187 の match column に つ い て, below 500 で あ る こ と が points か っ た が, 1500 ~ 2000 コ ピ ー exist す る も の も exist two し た. Youdaoplaceholder0, the length of the seiko return line is に また て て て, 500 bp long まで ten thousand times なく distribution, て て た た. FISH analysis で は に, below 1000 bp の サ イ ズ の プ ロ ー ブ で は た と え ゲ ノ ム DNA と の match column の similarity が high く て も シ グ ナ ル が weak く, like content の seaborne 検 out が difficult で あ る. そ こ で, FISH プ ロ ー ブ open 発 の alternate と し て, Qiao り return し number と Qiao り return し with long column の を calculation し, そ の distribution を confirm し た. そ の results, 10000 ~ 15000 bp の サ イ ズ の も の が 118 species, 15000 ~ 20000 bp の も の が 44, 20000 ~ 25000 bp の も の が 23 と, FISH プ ロ ー ブ と し て は very long な さ を have し て い る こ と が.at し た. こ こ で have ら れ た match column に つ い て は, Qiao り return し with column の lateral の column (Qiao り return し で な い) が.at し て い る た め, そ の part で PCR プ ラ イ マ ー を し design, FISH プ ロ ー ブ を made す る と と も に, Qiao り return し with column section に つ い て, Approximately 30 bp <s:1> synthesize ヌ レ レ チドに蛍 チドに蛍 light labeling を <s:1> た た <s:1> チドに蛍 チドに蛍 to make て てFISH analysis を rows なった. し か し な が ら, ど の プ ロ ー ブ に つ い て も シ グ ナ ル を 検 out す る こ と が で き な か っ た.

项目成果

CGH法を用いた染色体観察によるゲノムDNA間の相違の検出

使用 CGH 方法通过染色体观察检测基因组 DNA 之间的差异

• 发表时间: 2022
• 作者: Suzuki Nobuo;Honda Masato;Sekiguchi Toshio;Toriba Akira;Tang Ning;Edward Nagato Go;Zhang Lulu;Hayakawa Kazuichi;et all.;川上 玲，田口 尚弘，目﨑 拓真，Joshua Vacarizas，久保田 賢
• 通讯作者: 川上 玲，田口 尚弘，目﨑 拓真，Joshua Vacarizas，久保田 賢