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複数の小規模・大規模交雑がもたらすイモリの網状進化とモザイク的な集団構造の検証

多次小规模和大规模杂交带来的蝾螈网状进化和镶嵌种群结构的验证

基本信息

批准号：
21K06321
负责人：
富永篤
金额：
$ 2.75万
依托单位：
University of the Ryukyus
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K06321/
关键词：
集団遺伝 SNP解析交雑網状進化両生類

项目摘要

2022年度は関東地方と東北地域での採集を行った。これらの野外調査でRNA-seq解析に必要な標本サンプルの一部を収集した。昨年度、DNAを抽出して外注したddRAD-seqのデータを解析した結果、124個体，約1.6万SNPsのデータが得られた．これらのデータを主成分分析およびAdmixture解析の結果，アカハライモリには北日本，中部日本，西日本の３群がみられ，各群内にも複数のサブグループが見られることが明らかとなった．既知の交雑帯の他に，新たに静岡県河津町と兵庫県淡路市も交雑集団であることが明らかになった．４集団検定（f4 test）の結果，兵庫県福崎以西の中部日本群は西日本群から，愛知県知多半島以東の中部日本群は北日本群からの遺伝子浸透が相対的に多いことが判明し，中部日本群と他群との間の過去の交雑が示唆された．ほぼすべての個体についてmtDNAの配列も決定してmtDNAでの区分を調査した結果、西日本系統のmtDNAをもつ和歌山集団は，核ゲノムでは中部日本群に含まれ，核-mtDNA間に不一致が見られた。このことから、和歌山集団は、交雑由来の集団であり、核ゲノムのみが中部日本群になり、mtDNAは西日本系統のものをいまだに保持していることが明らかになった。関西以西では、東から西方向へ交雑帯が移動したことが先行研究でも示唆されており、過去の交雑帯の移動により核ゲノムの大部分が中部日本群のものに置き換わり、西日本群の痕跡として西日本系統のmtDNAをもつものと考えられた．これらの結果から，複数の交雑帯を介した遺伝子浸透が，中部日本群の多様なサブグループの形成に影響を与えたことが示唆された。

In 2022, the Kanto region and the Tohoku region were collected. A part of RNA-seq analysis is necessary for field investigation. Last year, DNA was extracted and analyzed, and 124 individuals, about 16,000 SNPs, were found. The results of principal component analysis and Admixture analysis show that there are three groups in North Japan, Central Japan and West Japan, and there are multiple groups in each group. The results of the f4 test show that the central Japan group west of Fukuzaki, Hyogo Prefecture, is opposite to the western Japan group, and the central Japan group east of Aichi Peninsula is opposite to the northern Japan group. The mtDNA alignment of the individuals in the study was determined by mtDNA differentiation. The results showed that mtDNA of the West Japan system was divided into Wakayama group and nuclear group. The central Japan group contained mtDNA, and the nucleus-mtDNA inconsistency was observed. The Wakayama Group is a group of people from the Middle Japan Group. The mtDNA is a group of people from the West Japan Group. The western and eastern regions of Kansai are moving in the western direction, and the western regions of Kansai are moving in the western direction. As a result, the formation of multiple cross-sections in the central Japanese group was affected by the cross-section of the cross-sections.

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

アカハライモリに見られる様々なタイプの交雑帯または交雑集団の状況

红腹蝾螈中发现的各种类型的混合区或混合种群情况

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Luca Pombo-Ayora;Viktor N. Peinemann;Collin T. Williams;Song He;Jia Li; Yukio Iwatsuki;日本の島嶼域に隔離分布するオキナワハイネズ近縁種群の分子系統地理学的解析;岡崎純子・仙田耕大・酒井優奈・川村三志夫・名波哲・長谷川匡弘・阿部晴恵;富永篤
通讯作者：
富永篤

ゲノムワイド解析から判明したアカハライモリの複雑な進化

全基因组分析揭示红腹蝾螈的复杂进化

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hidetoshi Wada;Keita Koeda;Masahiro Aizawa;Kazuo Sakamoto;Rei Ueshima;鈴木英治・丸野勝敏・田金秀一郎・寺田竜太・久保紘史郎・平城達哉・大西亘;城間大輝・松波雅俊・島田知・松井正・永野惇・富永篤
通讯作者：
城間大輝・松波雅俊・島田知・松井正・永野惇・富永篤

Morphological and taxonomic reexamination on a crocodile newt recently described from Japan (Urodela, Salamandridae, Echinotriton)

对日本最近描述的鳄鱼蝾螈（Urodela、蝾螈科、棘螈）进行形态学和分类学复查