セマンティックウェブ技術を用いた植物の系統・生育環境・表現型のデータベース

使用语义网技术的植物品系、生长环境和表型数据库

• 批准号: 22K05924
• 负责人: 市原 寿子
• 金额: $ 1.5万
• 依托单位: Kazusa DNA Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05924/
• 关键词: データベース; 植物; 系統; 生育環境; 表現型; セマンティクス; セマンティックウェブ

植物の表現型は、遺伝子型と環境、さらにその両者の組み合わせの相乗効果の影響を受けやすいことが知られており、同じ遺伝子型でも異なる環境においては異なる表現型を示すことがある。この性質をうまく利用できると、既存の系統の生育環境を制御することによって、交配育種に依らずに、意図した表現型を示す作物を生育させる「既存系統の表現型デザイン」が可能となる。交配育種では、結果として得られる次世代を選抜する過程が生じるが、本方法では、当代での選抜が可能であり、結果として育種の高速化が期待できる。近年、複数の系統を複数の環境条件下で栽培し、表現型として現れる系統の特性を評価する報告が多数ある。特に、生育環境が厳密に制御される植物工場を含む施設園芸のデータでは、複数の系統について、複数の温度、湿度、光量、養液などの環境下で観察される形態や代謝産物の違いが表現型情報として含まれる。従って、これらの情報は、生育環境の制御による既存系統の表現型デザインの足掛かりとして活用できると考えられる。しかし、公開されているデータは文献上にとどまっているものが多く、再利用されにくい状態である。本研究は、文献から系統や生育環境、表現型の情報を抽出してデータベース(以下、DB)化し、交配育種に依らない既存系統の表現型デザインの足掛かりとなるシステムの構築を目的とする。系統、生育環境、表現型の情報をDB化するにあたって、従来からよく使われている関係データベース(Relational DB、以下RDB)と、セマンティックウェブ技術において標準的な形式の一つであるリソースディスクリプションフレームワークを利用したグラフDBを併用して構築している。

Plant phenotypes, genetic types, environmental factors, and combinations of plant phenotypes are affected by environmental factors, genetic factors, and phenotypes. The nature of the plant is exploited, the reproductive environment of the existing system is controlled, the phenotype of the existing system is expressed, and the reproduction of the plant is possible. The breeding process of mating and results is expected to accelerate the selection of next generation. In recent years, there have been many reports on the characteristics of multiple systems under multiple environmental conditions. In particular, the growth environment is closely controlled, and the plant factory contains the information of the phenotype of the plant, the variety of the system, the variety of temperature, humidity, light amount, and nutrient solution. The expression pattern of the existing system, the control of the reproductive environment, the application of the information and the control of the reproductive environment In the past, the number of people in the world has increased, and the number of people in the world has increased. This study aims to extract information about the reproductive environment and phenotype of the system from the literature, and to transform the phenotype (hereinafter referred to as DB) into the phenotype (hereinafter referred to as DB) of the system, and to construct the phenotype (hereinafter referred to as DB) according to the phenotype (hereinafter referred to as DB) of the existing system in mating breeding. System, reproductive environment, phenotype information database, database

项目成果

Plant GARDEN: a portal website for accessing plant genome, DNA marker, and SNP information

Plant GARDEN：获取植物基因组、DNA标记和SNP信息的门户网站

• DOI: 10.17660/actahortic.2022.1339.52
• 发表时间: 2022
• 期刊: Acta Hortic
• 作者: H. Ichihara;H. Hirakawa;A. Ghelfi;M. Kohara;M. Yamada;T. Tamura;A. Nakaya;Y. Nakamura;S. Shirasawa;E. Sugihara;S. Tabata;S. Isobe
• 通讯作者: S. Isobe