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Analysis of decoding system by organelles NUTP/NUMT-tRNAs in plant

植物细胞器 NUTP/NUMT-tRNA 解码系统分析

基本信息

批准号：
22K06075
负责人：
相馬亜希子
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Chiba University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06075/
关键词：
tRNA 単細胞藻類イントロンタンパク質合成オルガネラ

项目摘要

tRNAは翻訳反応に必須の分子であるが、既存のソフトウェアによるゲノム解析だけでは全コドンの認識に必要な一揃いのtRNAレパートリーが同定できない生物種も多い。「tRNA遺伝子の不足がどのように補完されているか」という問いに対して、極限環境に生息する単細胞紅藻類イデユコゴメ綱の核ゲノムに散在するオルガネラゲノム断片 (Nuclear Plastid DNA, NUPT; Nuclear Mitochondrial DNA, NUMT）にコードされたtRNA(NUPT/NUMT-tRNA)が翻訳反応に関与する可能性を検討することを目的として分子生物学・生化学的な手法を用いて研究を行った。当該年度はイデユコゴメ類に属する数種の生物の核ゲノム配列をもとに、tRNA遺伝子配列の再検討およびレパートリーの整理を行った。tRNAをコードする領域だけでなくプロモーターやターミネーター、エキソン・イントロンの配列を丁寧に解析することで、その発現の有無や強さについて一定の知見が得られた。また、ゲノムの再解析から新規に同定したtRNA遺伝子群の発現およびスプライシングの位置について逆転写PCRおよびそのシーケンシングによる解析を行った。その結果、候補遺伝子のほとんどの場合において転写およびスプライシングが確認され、スプライシングと転写後修飾の関連性についても新たな知見が得られた。一方で、遺伝子は存在するものの発現が確認できない遺伝子もあり、異なる手法での解析を進めている。

TRNA reversal must be based on molecular data, and existing information is needed to determine the number of biological species in the same tRNA environment. "tRNA is not good enough." after the completion of the test, the environment is affected by environmental pollution, and is scattered throughout the environment (Nuclear Plastid DNA, NUPT). Nuclear Mitochondrial DNA, NUMT) use molecular biology, biochemical techniques, tRNA (NUPT/NUMT-tRNA) to study the possibility and possibility of molecular biology and biochemistry. When this year, several kinds of biological audit equipment are assigned to the system, and the tRNA sub-system is assigned to each other. In the field of tRNA, we need to know that you are not aware that you are aware that you are aware that you have no information. Reparse the new rules with the same tRNA subgroup. You can see that the location is different from that of the PCR. Please check the results, wait for the results, and wait for the results. Please confirm the results and update the connection information after writing. On the other hand, there is a situation in which you can make sure that you do not know what to do, and that you can use the method to analyze and improve the situation.