Analysis of decoding system by organelles NUTP/NUMT-tRNAs in plant

植物细胞器 NUTP/NUMT-tRNA 解码系统分析

• 批准号: 22K06075
• 负责人: 相馬 亜希子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06075/
• 关键词: tRNA; 単細胞藻類; イントロン; タンパク質合成; オルガネラ

tRNAは翻訳反応に必須の分子であるが、既存のソフトウェアによるゲノム解析だけでは全コドンの認識に必要な一揃いのtRNAレパートリーが同定できない生物種も多い。「tRNA遺伝子の不足がどのように補完されているか」という問いに対して、極限環境に生息する単細胞紅藻類イデユコゴメ綱の核ゲノムに散在するオルガネラゲノム断片 (Nuclear Plastid DNA, NUPT; Nuclear Mitochondrial DNA, NUMT）にコードされたtRNA(NUPT/NUMT-tRNA)が翻訳反応に関与する可能性を検討することを目的として分子生物学・生化学的な手法を用いて研究を行った。当該年度はイデユコゴメ類に属する数種の生物の核ゲノム配列をもとに、tRNA遺伝子配列の再検討およびレパートリーの整理を行った。tRNAをコードする領域だけでなくプロモーターやターミネーター、エキソン・イントロンの配列を丁寧に解析することで、その発現の有無や強さについて一定の知見が得られた。また、ゲノムの再解析から新規に同定したtRNA遺伝子群の発現およびスプライシングの位置について逆転写PCRおよびそのシーケンシングによる解析を行った。その結果、候補遺伝子のほとんどの場合において転写およびスプライシングが確認され、スプライシングと転写後修飾の関連性についても新たな知見が得られた。一方で、遺伝子は存在するものの発現が確認できない遺伝子もあり、異なる手法での解析を進めている。

TRNA は turn 訳 anti 応 に must の molecular で あ る が, existing の ソ フ ト ウ ェ ア に よ る ゲ ノ ム parsing だ け で は full コ ド ン の know に necessary な Jian い の tRNA レ パ ー ト リ ー が with fixed で き な い biological も い more. Lack of "伝 son of tRNA の が ど の よ う に fill out さ れ て い る か" と い う asked い に し seaborne て, extreme environment and nurture に す る 単 red algae イ デ ユ コ ゴ メ outline の Nuclear ゲ ノ ム に scattered す る オ ル ガ ネ ラ ゲ ノ ム fragment (Nuclear Plastid DNA, NUPT; Nuclear and Mitochondrial DNA NUMT) に コ ー ド さ れ た tRNA (NUPT/NUMT - tRNA) が turn 訳 anti 応 に masato and す る possibility を beg す 検 る こ と を purpose と し て な technique of molecular biology, biochemistry を with い を line っ て research た. When the annual は イ デ ユ コ ゴ に メ found す る several の biological の nuclear ゲ ノ ム match column を も と に, traces of tRNA 伝 with sequence の again beg お 検 よ び レ パ ー ト リ ー の finishing line を っ た. TRNA を コ ー ド す る field だ け で な く プ ロ モ ー タ ー や タ ー ミ ネ ー タ ー, エ キ ソ ン · イ ン ト ロ ン の match column を ding に parsing す る こ と で, そ の 発 の now have strong や さ に つ い て must have の know see が ら れ た. ま た, ゲ ノ ム の to か ら new rules に with fixed し た tRNA heritage 伝 subgroup の 発 now お よ び ス プ ラ イ シ ン グ の position に つ い て inverse planning write PCR お よ び そ の シ ー ケ ン シ ン グ に よ る parsing line を っ た. そ の results, alternate but 伝 の ほ と ん ど の occasions に お い て planning write お よ び ス プ ラ イ シ ン グ が confirm さ れ, ス プ ラ イ シ ン グ と planning modification after writing の masato even sex に つ い て も new た な knowledge が must ら れ た. Party で exist, but 伝 は す る も の の 発 が now confirmed で き な い heritage 伝 son も あ り, different な る gimmick で の parsing を into め て い る.

项目成果

Characterization of tRNA repertoires for the CGN codon family in Cyanidiophyceae organelles

蓝藻细胞器中 CGN 密码子家族 tRNA 库的表征

• 发表时间: 2022
• 作者: Ritsuho Yamakawa;Hikaru Sano;Yusuke Sugimoto;Yu Kanesaki;Kan Tanaka;Akiko Soma
• 通讯作者: Akiko Soma