病原性大腸菌O157株特異的な非翻訳型RNAの同定と病原性発現における機能の解析

致病性大肠杆菌O157菌株特异非翻译RNA的鉴定及其致病性表达功能分析

• 批准号: 06J07473
• 负责人: 相馬 亜希子
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Rikkyo University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06J07473/
• 关键词: 病原性大腸菌O157株; ncRNA; tRNA

1)昨年度までに、O157株のIRR遺伝子と、それに対応するマイナーコドンを連続してつなげたβ-ガラクトシダーゼ遺伝子を、非病原性大腸菌に導入し、IRRが対応するマイナーコドンの翻訳に与える影響を調べた結果、病原性発現とIRRの発現には特に関連性が見られなかった。より良い実験系の開発をめざし、培養やアッセイの条件検討などを行ったが、現在までにポジティブな結果は得られていない。2)同定した新規ncRNA遺伝子をクローニングし、O157株に導入、過剰発現を行った結果、ある病原性関連遺伝子の発現が促進、または抑制されていることから、申請者が同定したncRNAがO157株の病原性発現に深く関与していることが明らかにされた。本年度はリアルタイムPCR法などを導入し、詳細な作用機作の解析を行った結果、ncRNAの直接の標的遺伝子候補が明らかになった。現在、その分子メカニズムの解明を試みている。さらに、DNAチップ解析により、標的遺伝子の網羅的検索を行っている。これまでの成果を2008年2月にアメリカで行われたMiami winter symposiumにおいて発表したところ、ncRNAの世界的な研究者とディスカッションをすることができ、ncRNAによる遺伝子発現制御における因子の探索についてなど、有意義なアドバイスを受けることができた。今後はその意見を参考に、ncRNAによる病原性発現制御機構の解明を目指したい。

1)The IRR gene of strain O157 was introduced into nonpathogenic E. coli, IRR gene was detected, and the relationship between IRR gene and IRR gene was analyzed. The development and cultivation of the system are the key to the success of the project 2)The same determination was made for the new ncRNA gene, which was introduced into the O157 strain, and the results of the detection were obtained. The detection of pathogenic-related genes was promoted, and the detection of pathogenic-related genes was inhibited. The same determination was made for the new ncRNA gene, which was introduced into the O157 strain, and the results were obtained. This year, the introduction of PCR, detailed analysis of the action mechanism, and direct target gene candidates for ncRNA were identified. Now, the molecules of the company are trying to solve the problem. DNA analysis, target DNA analysis and target DNA search. The results were published in February 2008 by Miami winter symposium researchers and researchers in the world of ncRNA. In the future, we will provide some suggestions on how to solve the problem of pathogenic control mechanism of ncRNA.

项目成果

病原性大腸菌O157:H7株の非翻訳型RNAの同定とその機能の解析

致病性大肠杆菌O157:H7菌株非翻译RNA的鉴定及其功能分析

• 发表时间: 2007
• 作者: Akiko Soma;Akinori Onodera;Junichi Sugahara;Akio Kanai;Nozomu Yachie;Masaru Tomita;Fujio Kawamura and Yasuhiko Sekine;Sugahara J. et al.;Akiko Soma;徐真由美;相馬亜希子
• 通讯作者: 相馬亜希子

病原性大腸菌O157株特異的なnon-coding RNAの機能解析

致病性大肠杆菌 O157 菌株特异性非编码 RNA 的功能分析

• 发表时间: 2007
• 作者: 徐麻由美;相馬亜希子;伊豫田淳;栗原那奈子;大西真;武藤あきら;林哲也;安部裕順;戸邉亨;牛田千里;黒川顕;関根靖彦
• 通讯作者: 関根靖彦

Identification and functional analysis of non-coding RNA from E. coli O157:H7

大肠杆菌 O157:H7 非编码 RNA 的鉴定和功能分析

• 发表时间: 2008
• 作者: Akiko Soma;Akinori Onodera;Junichi Sugahara;Akio Kanai;Nozomu Yachie;Masaru Tomita;Fujio Kawamura and Yasuhiko Sekine;Sugahara J. et al.;Akiko Soma
• 通讯作者: Akiko Soma

SPLITS : a new program for predicting split and intron-containing tRNA genes at the genome level.

SPLITS：一个在基因组水平预测分裂和含有内含子的 tRNA 基因的新程序。

• 发表时间: 2006
• 期刊: In Silico Biology 6
• 作者: Sugahara;J.;Yachie;N.Sekine;Y.;Soma;A.;Matsui;M.;Tomita M.;Kanai;A.
• 通讯作者: A.