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分子夾雑環境におけるヌクレオソームDNAの塩基配列依存的アンラッピングの解析

分子污染环境中核小体 DNA 序列依赖性解包分析

基本信息

批准号：
22K06176
负责人：
角南智子
金额：
$ 2.58万
依托单位：
National Institutes for Quantum Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06176/
关键词：
ヌクレオソーム光ピンセット FRET DNA 配列特異性転写分子夾雑

项目摘要

ヌクレオソームは真核生物のクロマチンを構成する基本的構成因子であるが、遺伝子の読み出しの際にはヌクレオソームのDNAが解かれなければならないため、ヌクレオソームDNAの解けやすさに塩基配列の力学的性質がどのように関わっているのかを明らかにすることは生物学的に重要な課題である。近年、細胞内は、種々の分子が混み合った環境(分子夾雑環境)であり、DNAやタンパク質が希釈状態とは異なる構造・異なる相互作用を持っている可能性が指摘されている。本研究では、ヌクレオソームDNAのほどけやすさとほどける過程を分子夾雑環境下で解析することによって、生体環境における遺伝子発現制御に対するDNAの塩基配列の寄与を解明する。以下、交付申請書に記載した2つの事項について説明する。(1)FRET法によるヌクレオソームのほどけやすさの解析: 22年度は、蛍光物質を付与したモノヌクレオソームで異なるDNA配列を持つものを作成し、通常の溶媒下で、時間相関単一光計数法によるFRET測定を行うことで、DNAのほどけやすさを調べた。結果、AA配列を含むヌクレオソームDNAが他の配列よりもほどけやすいことを見出した。これによって、この方法で塩基配列特異性の差が定量的に計測可能であることを確認した。(2)光ピンセット法によるヌクレオソームのほどける過程の解析: 22年度は、通常溶媒下で光ピンセット実験に適したDNAの長さを検討した。最終的に、約8.5kbpのDNA上にヌクレオソームが12個並んだものを作成し、光ピンセットで固定して、DNAのアンラッピングの過程を観察可能であること、実際に平均して12個のヌクレオソームがDNA上に存在することを確認できた。

The basic constituent factors of eukaryote DNA are related to the molecular structure of eukaryotes, and the molecular structure of eukaryotes is related to the molecular structure of eukaryotes. In recent years, the possibility of molecular mixing environment (molecular sandwich environment) between DNA and DNA has been criticized. This study aims to clarify the molecular mechanism of DNA gene expression in molecular environment and biological environment. The following is a description of the matters recorded in the delivery application. (1) Analysis of FRET method: In 2002, the DNA alignment of fluorescent substances was determined by time-dependent single-photon counting method. As a result, it has been shown that AA matches can be easily combined with other matches, including the same DNA. This method allows for quantitative measurement of differences in nucleotide alignment specificity. (2)Analysis of the process of DNA growth in light and solvent in 22 years Finally, about 8.5 kbp DNA was isolated from 12 pairs of DNA, and the process of DNA isolation was observed. On average, 12 pairs of DNA were isolated from DNA.