The novel classification system of pediatric brain tumors using machine learning technology

利用机器学习技术的儿童脑肿瘤新分类系统

• 批准号: 22K06951
• 负责人: 里見 介史
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kyorin University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2027-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06951/
• 关键词: 人体病理; 中枢神経系腫瘍; DNAメチル化

DNAメチル化解析を組織形態学的解析と遺伝子検索に統合し、治療奏効性や予後の予測に資する新しい小児脳腫瘍分類を策定するため、小児脳腫瘍及び成人に発生した小児型脳腫瘍のDNAメチル化プロファイルによる特徴づけを行なった。Illumina Infinium Methylation EPIC BeadChip arrays (Illumina, Inc., San Diego, CA, USA)によって取得されたゲノムワイドDNAメチル化アレイデータから、近年、新しい脳腫瘍分類法として用いられるDNAメチル化分類を、ドイツがんセンター(Deutsches Krebsforschungszentrum, DKFZ)が公開するウェブツール (DKFZ Classifier) を用いて取得した。しかし、DKFZ Classifierは、教師あり機械学習であるランダムフォレスト法を応用しており、正解・不正解が与えられる場合や、大量のデータが用意できる場合に予測精度が高いものの、小児脳腫瘍は組織型ごとに十分な症例数が集積できず、学習データセットに含まれない組織型（中枢神経系胚細胞腫や小児特有の希少な組織型）もある。また、希少腫瘍型では十分なデータセットが得られず、正確なDNAメチル化分類結果が得られるか不明である。そこで、DNAメチル化プロファイルを可視化するために非線形性次元削減法を併用して、既知の中枢神経系腫瘍との類似性を明らかにしたほか、詳細なゲノムワイドコピー数解析を行った。バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス 解 析 は 、 R (RFoundation for Statistical Computing, Vienna, Austria) にminfiやRtsneを含む複数の解析パッケージを組み合わせ、解析パイプラインを確立した。

DNA analysis, histomorphological analysis, genetic analysis, integration, therapeutic efficacy, and future prediction of new small tumor classification, small tumor classification, and adult development of small tumor DNA analysis and characterization. Illumina Infinium Methylation EPIC BeadChip arrays (Illumina, Inc., San Diego, CA, USA) has recently acquired a new classification method for DNA classification, called Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ). DKFZ Classifier is used in mechanical learning, correct solution and incorrect solution, high prediction accuracy, small tumor tissue type, and small tumor tissue type (central nervous system embryonic cell tumor and small tumor tissue type). The correct DNA classification results are unknown. The method of non-linear dimensional reduction is used to analyze the similarity of the known central nervous system. R (RFfoundation for Statistical Computing, Vienna, Austria) minfi and Rtsne are established for complex analytic solutions.

项目成果

12p gainは中枢神経系胚細胞腫瘍の予後不良群を同定する

12p 增益确定了中枢神经系统生殖细胞肿瘤预后不良的群体

• 发表时间: 2022
• 作者: 里見 介史;高見 浩数;福島 慎太郎ら
• 通讯作者: 福島 慎太郎ら

IDH変異型グリオーマの統合診断の実際

IDH突变胶质瘤的实用综合诊断

• 发表时间: 2022
• 作者: Kaishi Satomi;Hirokazu Takami;Shintaro Fukushima et al.;里見介史
• 通讯作者: 里見介史

DNA methylome analysis suggested the presence of “true” IDH-wildtype lower-grade gliomas

DNA 甲基化组分析表明存在“真正的”IDH 野生型低级别胶质瘤

• 发表时间: 2022
• 作者: Kaishi Satomi;Kenji Fujimoto;Hideyuki Arita et al.
• 通讯作者: Hideyuki Arita et al.

中枢神経系腫瘍のゲノム・エピゲノム研究と病理診断への応用

中枢神经系统肿瘤基因组/表观基因组研究及其在病理诊断中的应用

• 发表时间: 2022
• 作者: 里見 介史;高見 浩数;福島 慎太郎ら;里見介史
• 通讯作者: 里見介史

Age is a major determinant for poor prognosis in patients with pilocytic astrocytoma: a SEER population study

年龄是毛细胞型星形细胞瘤患者预后不良的主要决定因素：SEER 人群研究

• DOI: 10.1007/s10238-022-00882-5
• 发表时间: 2022
• 期刊: Clinical and Experimental Medicine
• 影响因子: 4.6
• 作者: Tomita Yusuke;Hibler Elizabeth A.;Suruga Yasuki;Ishida Joji;Fujii Kentaro;Satomi Kaishi;Ichimura Koichi;Hirotsune Nobuyuki;Date Isao;Tanaka Yoshihiro;Otani Yoshihiro
• 通讯作者: Otani Yoshihiro