腫瘍不均質性を考慮した細胞濃縮法の開発

点击翻译按钮获取中文摘要

次世代シーケンサを用いた腫瘍に対する変異解析は、研究のみならず臨床現場においても重要な位置づけになりつつある。変異解析において、腫瘍含有率は変異同定の成否を決める重要な因子の1つであり、腫瘍含有率が低い場合には正確に変異を検出できないことが分かっている。しかしながら、患者から切除された腫瘍組織には臓器由来の細胞をはじめ免疫関連の細胞も含まれているため、がん種によっては対象中に含まれる腫瘍細胞が少ない場合がある。さらに、腫瘍に不均質性がありサブクローナルな集団に蓄積している体細胞変異であれば、腫瘍含有率が低い症例ではその変異を見落とす可能性は高い。そこで本研究では、次世代シーケンサによる正確な体細胞変異の検出を目指した、腫瘍不均質性を考慮した簡便な細胞濃縮法の確立を目的とする。予備実験で示されたホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織切片からびまん性胃がんの腫瘍細胞の濃縮・分離する基本コンセプトの特許出願を行った。この濃縮法は半全自動で実施でき、作業者の負担も少なく臨床のパネル検査にも実装できると考えている。またその濃縮・分離技術を利用し、変異アレル頻度(VAF)が小さい変異の検出に成功した。これにより濃縮しない従来法では検出できなかった体細胞変異を数多く検出することができた。マクロダイセクションが困難であるびまん性胃がんにおいても体細胞変異の検出数を向上させることができた。さらに、腫瘍画分と残渣画分のVAFの差分を利用した生殖細胞系列変異を同定できることを実証した。