腫瘍不均質性を考慮した細胞濃縮法の開発

考虑肿瘤异质性的细胞富集方法的开发

• 批准号: 22K07315
• 负责人: 畠山 慶一
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Shizuoka Cancer Center Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07315/
• 关键词: 腫瘍濃縮; 次世代シーケンサ; 腫瘍不均質性; 体細胞変異変異; 細胞濃縮; FFPE組織切片; 発現解析

次世代シーケンサを用いた腫瘍に対する変異解析は、研究のみならず臨床現場においても重要な位置づけになりつつある。変異解析において、腫瘍含有率は変異同定の成否を決める重要な因子の1つであり、腫瘍含有率が低い場合には正確に変異を検出できないことが分かっている。しかしながら、患者から切除された腫瘍組織には臓器由来の細胞をはじめ免疫関連の細胞も含まれているため、がん種によっては対象中に含まれる腫瘍細胞が少ない場合がある。さらに、腫瘍に不均質性がありサブクローナルな集団に蓄積している体細胞変異であれば、腫瘍含有率が低い症例ではその変異を見落とす可能性は高い。そこで本研究では、次世代シーケンサによる正確な体細胞変異の検出を目指した、腫瘍不均質性を考慮した簡便な細胞濃縮法の確立を目的とする。予備実験で示されたホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織切片からびまん性胃がんの腫瘍細胞の濃縮・分離する基本コンセプトの特許出願を行った。この濃縮法は半全自動で実施でき、作業者の負担も少なく臨床のパネル検査にも実装できると考えている。またその濃縮・分離技術を利用し、変異アレル頻度(VAF)が小さい変異の検出に成功した。これにより濃縮しない従来法では検出できなかった体細胞変異を数多く検出することができた。マクロダイセクションが困難であるびまん性胃がんにおいても体細胞変異の検出数を向上させることができた。さらに、腫瘍画分と残渣画分のVAFの差分を利用した生殖細胞系列変異を同定できることを実証した。

The next generation of research and development in clinical settings Different analysis, tumor content rate, different determination, important factor, tumor content rate, low case, correct difference, different determination The tumor tissue was excised from the patient, and the tumor cells were found to be immunologically related. In addition, the heterogeneity of the tumor and the accumulation of the tumor in the somatic cells are different, and the tumor content rate is low. In the case of the tumor, the possibility of the variation is high. The aim of this study is to establish a simple cell concentration method for the identification of somatic cell diversity in the next generation. The preparation of tissue sections from fixed, embedded (FFPE) tissues to concentrated, isolated, and basic tissue sections was performed. This concentration method is semi-automatic, reduces the burden on the industry, and reduces the burden on clinical investigation. The concentration and separation techniques were used to reduce the frequency of separation (VAF). The method of concentration is to produce a variety of somatic cells. The number of cells in the body is increasing. The difference between the number of sperm cells and the number of sperm cells in the sperm cells is different.

项目成果

遺伝子変異の検出方法及び体細胞変異と生殖細胞系列変異とを区別する方法

检测基因突变并区分体细胞和种系突变的方法

• 发表时间: 2022

Novel tumor cell enrichment enables detection of mutations with low variant allele frequency

新型肿瘤细胞富集能够检测具有低变异等位基因频率的突变

• 发表时间: 2022
• 作者: Keiichi Hatakeyama;Keiichi Ohshima;Takeshi Nagashima;Sumiko Ohnami;Shumpei Ohnami;Masakuni Serizawa;Akane Naruoka;Koji Maruyama;Akira Iizuka;Tadashi Ashizawa;Hirotsugu Kenmotsu;Tohru Mochizuki;Kenichi Urakami;Yasuto Akiyama;Ken Yamaguchi
• 通讯作者: Ken Yamaguchi