PNHクローンの起源と変遷

PNH 克隆的起源和进化

• 批准号: 22K08452
• 负责人: 高森 弘之
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K08452/
• 关键词: 発作性夜間ヘモグロビン尿症; PNH; 血液疾患; 全ゲノム解析; 遺伝学的系統樹解析; 系統樹

本研究では、発作性夜間ヘモグロビン尿症（PNH）患者から得た単細胞レベルの全ゲノムシークエンスデータを用いて遺伝学的系統樹解析を行い、PNHクローンの発生から臨床的なPNH発症に至る過程を明らかにすることを目的としている。本年度は、大阪大学大学院医学系研究科血液・腫瘍内科に通院中の2名のPNH患者の骨髄検体を用いて研究を行った。1名は、PIGA遺伝子変異に加えてHMGA2遺伝子変異を認める症例であり、もう1名は複数の異なるPIGA遺伝子変異が認められた症例である。患者から採取した骨髄細胞を単核球に分離し、フローサイトメトリーを用いて、造血幹細胞レベルの細胞集団をPNH分画（CD55/59陰性）とnon-PNH分画（CD55/59陽性）に分けた。次に、メチルセルロースを培地として、TPO、SCF、IL3などのサイトカインを用いてコロニー形成細胞アッセイで細胞増殖を行った。形成されたコロニーから、カラム法を用いてDNAを抽出した。それぞれのコロニーが隣接するコロニーとのコンタミネーションがない場合、単細胞を由来とする細胞集団と考えられるため、コロニーから得られたDNAも単細胞由来であるとして研究を行うことが可能である。DNAのクオリティーチェックを行い、次世代シークエンサーによる全ゲノム解析が可能なものを選択し、ライブラリー作成を行った。その後、次世代シークエンサーを用いて全ゲノム解析を実施し、全ゲノムシーケンスデータを取得した。

The purpose of this study is to clarify the process from the onset of PNH to the onset of clinical PNH by performing a phylogenetic tree analysis of the complete set of genetic data from patients with PNH. This year, two bone marrow studies of PNH patients were conducted in the Department of Hematology and Oncology, Osaka University Graduate School of Medicine. 1 name, PIGA heritage, different, add HMGA2 heritage, different, different. Patients were divided into two groups: hematopoietic stem cell population (CD55/59 negative) and non-PNH population (CD55/59 positive). In addition, TPO, SCF and IL3 are used to form cells. The DNA was extracted by the method of DNA extraction. The next generation of cells is called the cell population. The next generation of cells is called the cell population. DNA analysis is possible in the next generation. After the first generation, the next generation of the system is used to analyze the system, and the system is used to obtain the system.