Klebsiella variicola感染症の臨床像と遺伝学的特徴に関する研究

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本研究課題の遂行において、MALDI-TOFによるKlebsiella variicolaの菌種同定の正確性が高いことが前提となるため、その検証を行った。東京大学医学部附属病院において2019年1月から2021年11月に血液培養から検出され、MALDI-TOF（MALDI Biotyper）でKlebsiella pneumoniaeあるいはK. variicolaと同定された83株を用いて検討したところ、MALDI BiotyperによるK. vaciicola（26株）の同定は、library version 9を用いることにより、遺伝学的な同定法（Multiplex PCRあるいは全ゲノム解析）と同等の精度が得られることを確認した（PMID: 36125293）。また、webツール（MALDI TypeR）の併用により、K. pneumoniaeのその他の類縁種や亜種の同定が可能であることも確認した。続いて、2010年から2018年に東京大学医学部附属病院で血液培養から検出されK. pneumoniaeと同定された452株について、MALDI Biotyper（library version 9）およびMALDI TypeRによる菌種同定を実施し、77株のK. variicola菌株を得た。これらのうち27株についてMiSeq（illumina）を用いた全ゲノム解析を実施し、これらすべての菌株がK. variicola subsp. variicolaであることを確認した。また、multilocus sequence typingによりこれらの菌株の遺伝学的背景は多様であることを確認するとともに、2株がK. pneumoniaeの高病原性と関連するとされる高粘稠性関連遺伝子（rmpA）やシデロフォア関連遺伝子（iro, ybt）を保有していたことを確認した。