Klebsiella variicola感染症の臨床像と遺伝学的特徴に関する研究

水痘克雷伯菌感染的临床特征及遗传特征研究

• 批准号: 22K08576
• 负责人: 原田 壮平
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K08576/
• 关键词: Klebsiella variicola; 血流感染症; 全ゲノム解析; 病原遺伝子; MLST

本研究課題の遂行において、MALDI-TOFによるKlebsiella variicolaの菌種同定の正確性が高いことが前提となるため、その検証を行った。東京大学医学部附属病院において2019年1月から2021年11月に血液培養から検出され、MALDI-TOF（MALDI Biotyper）でKlebsiella pneumoniaeあるいはK. variicolaと同定された83株を用いて検討したところ、MALDI BiotyperによるK. vaciicola（26株）の同定は、library version 9を用いることにより、遺伝学的な同定法（Multiplex PCRあるいは全ゲノム解析）と同等の精度が得られることを確認した（PMID: 36125293）。また、webツール（MALDI TypeR）の併用により、K. pneumoniaeのその他の類縁種や亜種の同定が可能であることも確認した。続いて、2010年から2018年に東京大学医学部附属病院で血液培養から検出されK. pneumoniaeと同定された452株について、MALDI Biotyper（library version 9）およびMALDI TypeRによる菌種同定を実施し、77株のK. variicola菌株を得た。これらのうち27株についてMiSeq（illumina）を用いた全ゲノム解析を実施し、これらすべての菌株がK. variicola subsp. variicolaであることを確認した。また、multilocus sequence typingによりこれらの菌株の遺伝学的背景は多様であることを確認するとともに、2株がK. pneumoniaeの高病原性と関連するとされる高粘稠性関連遺伝子（rmpA）やシデロフォア関連遺伝子（iro, ybt）を保有していたことを確認した。

This research topic carries out the research, MALDI-TOF and Klebsiella variicola species identification and legitimacy, and high premise, and test and implementation. Tokyo University Hospital of Medicine January 2019 November 2021 Blood Culture, MALDI-TOF (MALDI Biotyper) Klebsiella pneumoniae 83 strains of variicola have been identified. Vaciicola (26 strains) identification, library version 9, genetic identification (Multiplex PCR), and equivalent accuracy (PMID: 36125293) MALDI TypeR, MALDI TypeR pneumoniae and other kinds of species, and the same kind of species, may be identified. From 2010 to 2018, blood culture was performed at Tokyo University Hospital. 452 strains of pneumoniae were identified, MALDI Biotyper (library version 9) and MALDI TypeR were identified, 77 strains of K. Variicola strains were obtained. 27 strains of MiSeq (illumina) were used in the analysis of all strains of K. variicola subsp. variicola The genetic background of the strain is different. The high pathogenicity of pneumoniae was confirmed by high viscosity related gene (rmpA) and high viscosity related gene (iro, ybt).