胞巣状軟部肉腫発症に導く転写制御ネットワークの解明

阐明导致肺泡软组织肉瘤发生的转录调控网络

• 批准号: 22K09400
• 负责人: 石黒 尚子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Tottori University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09400/
• 关键词: 骨軟部腫瘍; 融合遺伝子; トランスクリプトーム解析; 転写制御機構

胞巣状軟部肉腫では、発がんの原因遺伝子としてASPL-TFE3融合遺伝子が同定されている。ASPL-TFE3融合遺伝子産物は転写因子として、腫瘍の発症・進展にかかわる下流遺伝子群の異常発現を引き起こすと考えられているが、その分子メカニズムの詳細は分かっていない。本研究課題では、ASPL-TFE3により誘導される遺伝子発現変化をトランスクリプトーム解析で網羅的に同定し、既に得られているゲノム上のASPL-TFE3結合領域の網羅的解析データと統合的に解釈することで、本融合遺伝子が発がんに導く転写制御ネットワークの解明を目指す。本年度は、RNA-Seq法を用いたトランスクリプトーム解析により、ASPL-TFE3により引き起こされる遺伝子発現変化の網羅的検討を行った。本研究では、研究代表者が過去に樹立した２種類のテトラサイクリン誘導性ASPL-TFE3安定発現細胞株（UE7T/TR-AT細胞、293/TR-AT細胞）を使用した。UE7T/TR-AT細胞および293/TR-AT細胞において、テトラサイクリンによるASPL-TFE3発現融合前後の細胞からそれぞれトータルRNAを回収し、電気泳動による品質評価後にｍRNAを精製した。そして、ライブラリーを調製し、次世代シークエンサーを用いたシ―クエンシング解析を実施している。現在、順次サンプルのRNA-Seq解析を行なうとともに、得られたシ―クエンスデータの解析を進めている。

在肺泡软组织肉瘤中，ASPL-TFE3融合基因已被鉴定为癌变的致病基因。 ASPL-TFE3融合基因产物被认为是转录因子，引起参与肿瘤发育和发育的下游基因的异常表达，但其分子机制的细节尚不清楚。在本研究主题中，我们旨在使用转录组分析全面识别由ASPL-TFE3引起的基因表达变化，并通过已经获得的基因组上ASPL-TFE3结合区域的全面分析数据来整合它们，从而阐明了转录调节网络，从而导致癌变。今年，我们对使用RNA-seq方法进行转录组分析引起的ASPL-TFE3引起的基因表达变化进行了全面检查。在这项研究中，使用了两种类型的四环素诱导的ASPL-TFE3稳定的表达细胞系（UE7T/TR-AT细胞，293/TR-AT细胞），该细胞曾经使用主要研究者在过去建立。通过四环素在UE7T/TR-AT细胞中融合ASPL-TFE3表达前后，从细胞中收集总RNA，并在通过电泳评估质量评估后纯化mRNA。然后准备库，并使用下一代序列仪进行序列分析。当前，我们正在依次对样品进行RNA-Seq分析，并分析获得的序列数据。