胞巣状軟部肉腫発症に導く転写制御ネットワークの解明

阐明导致肺泡软组织肉瘤发生的转录调控网络

• 批准号: 22K09400
• 负责人: 石黒 尚子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Tottori University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09400/
• 关键词: 骨軟部腫瘍; 融合遺伝子; トランスクリプトーム解析; 転写制御機構

胞巣状軟部肉腫では、発がんの原因遺伝子としてASPL-TFE3融合遺伝子が同定されている。ASPL-TFE3融合遺伝子産物は転写因子として、腫瘍の発症・進展にかかわる下流遺伝子群の異常発現を引き起こすと考えられているが、その分子メカニズムの詳細は分かっていない。本研究課題では、ASPL-TFE3により誘導される遺伝子発現変化をトランスクリプトーム解析で網羅的に同定し、既に得られているゲノム上のASPL-TFE3結合領域の網羅的解析データと統合的に解釈することで、本融合遺伝子が発がんに導く転写制御ネットワークの解明を目指す。本年度は、RNA-Seq法を用いたトランスクリプトーム解析により、ASPL-TFE3により引き起こされる遺伝子発現変化の網羅的検討を行った。本研究では、研究代表者が過去に樹立した２種類のテトラサイクリン誘導性ASPL-TFE3安定発現細胞株（UE7T/TR-AT細胞、293/TR-AT細胞）を使用した。UE7T/TR-AT細胞および293/TR-AT細胞において、テトラサイクリンによるASPL-TFE3発現融合前後の細胞からそれぞれトータルRNAを回収し、電気泳動による品質評価後にｍRNAを精製した。そして、ライブラリーを調製し、次世代シークエンサーを用いたシ―クエンシング解析を実施している。現在、順次サンプルのRNA-Seq解析を行なうとともに、得られたシ―クエンスデータの解析を進めている。

The reason for the cellular soft part swelling is that ASPL-TFE3 fusion is stable. ASPL-TFE3 fusion gene product is characterized by high molecular weight, high molecular weight, and low molecular weight. This research topic is aimed at determining the identity of ASPL-TFE3-induced gene generation, analyzing and integrating ASPL-TFE 3-induced gene generation, and indicating the identity of ASPL-TFE3-induced gene generation, analyzing and integrating ASPL-TFE3-induced gene generation. This year, RNA-Seq method was used to analyze the molecular structure and ASPL-TFE3 molecular structure. In this study, two kinds of inducible ASPL-TFE3 stable development cell lines (UE7T/TR-AT cells and 293/TR-AT cells) were established by the study representatives in the past. Cell cycle of UE7T/TR-AT cells and 293/TR-AT cells before and after ASPL-TFE3 fusion was evaluated by PCR, electroporation, and mRNA purification. In addition to the above, the next generation of mobile phone users can also use the mobile phone to analyze the mobile phone. Now, the RNA-Seq analysis is performed in sequence, and the RNA-Seq analysis is performed in sequence