Development of a novel histopathological examination method for castration-resistant prostate cancer focusing on neutral theory of molecular evolution

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本年度は、アンドロゲン受容体依存性ヒト前立腺がんLNCaP細胞から樹立した、アンドロゲン受容体依存性が異なる３つのサブクローンE9, F10, G4を用いて、Agilent社SureSelect Human All Exon V6 (60.5Mb) kitによるエクソーム解析を実施した。次世代シークエンス解析結果については、２種類の代表的なパイプライン（GATKおよびFreebayes）による精度の高い変異検出を行った（ダブルパイプライン解析）。さらに、タンパク質にインパクトを与える変異と、アレル頻度情報による変異の絞り込みを行った。今回、我々は前立腺がん細胞にアンドロゲン受容体依存性の差異を生み出すパッセンジャー遺伝子変異を同定することを目的としているため、遺伝子の抽出には”androgen receptor (AR)”をキーワードに、かつ親株であるLNCaPには変異が見られないものの、E9, F10, G4のいずれかに変異が認められる遺伝子を抽出することとした。これらの条件で解析した結果、E9もしくはG4に特異的な変異が認められる遺伝子は皆無であったものの、F10に特異的な、一塩基変異Single Nucleotide Variant (SNV)が認められる遺伝子が４つ抽出された。今回、我々はエクソーム解析を施行し、アンドロゲン受容体低依存性のサブクローンF10に特異的な一塩基変異を有する遺伝子４つを抽出することに成功した。これらの遺伝子が正常に働かないために、F10がアンドロゲン受容体低依存性である可能性が考えられる。次年度は、これら４つの遺伝子が前立腺がん細胞のアンドロゲン受容体依存性を規定する鍵分子であることを検証する。