反復DNAマーカーによる日本のフナの系統進化的分類と識別

利用重复DNA标记对日本鲫鱼进行系统发育分类和鉴定

• 批准号: 08760284
• 负责人: 村上 賢
• 金额: $ 0.58万
• 依托单位: Azabu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08760284/
• 关键词: コイ科魚類; フナ; 反復DNA; サテライトDNA; 5s-rDNA

日本のフナ集団における進化や遺伝的背景をDNAレベルで調べるため、フナゲノムDNAのHindIII処理により得られた約270bp(Hi-a)と約2106p(Hi-b)のサテライトDNA(反復DNA)を単離し、その特徴付けを行った。Hi-aとHi-bの各々10クローン以上について一次構造を決定し、さらにサザンハイブリダイゼーションによりゲノム上での存在形態について解析した。1.Hi-a:反復単位は268bpまたは269bpで高AT(約65%)であった。また、反復単位間での相同性は非常に高かった(平均95%)。この反復DNAはフナゲノム中、高頻度で縦列に構成されていた。Hi-aにはサブファミリーが存在しており、そのゲノム中での存在形態はギンブナと金魚で一部異なっていた。さらに、Hi-aは他のコイ科魚類であるコイ、タナゴ、オイカワには存在せず、量差はあるものの、ギンブナ、ゲンゴロウブナ、金魚のフナ種に特異的であることがわかった。また、金魚に、より特徴的である、一端を欠いたHi-a配列(202bp)も同定した。2.Hi-b:反復単位は208bpまたは209bpだった。データベースと相同性検索した結果、5s-rDNA(120bp)とそのフランキング領域を含む反復配列と推察された。調べたコイ科魚類のいずれにもこの配列は存在していたが、その存在形態は種(亜種)により異なっていた。また、ギンブナから5s-rDNAの一部(約80bp)を含む同方向反復配列(約145bp)からなる約290bpの反復配列も同定した。以上、これらの反復DNAは、今後、フナの進化的位置付けや遺伝的分類を明確にする上での指標として期待できる。

The background DNA sequence of the Japanese DNA set was isolated and characterized by HindIII treatment of DNA sequence of about 270bp(Hi-a) and about 2106p(Hi-b). Hi-a, Hi-b, Hi-c, Hi-c. 1.Hi-a: Repeat position 268bp 269bp AT(about 65%). The similarity between repeat units is very high (average 95%). This repeated DNA sequence is composed of medium and high frequency sequences. Hi-aさらに、Hi-aは他のコイ科鱼类であるコイ、タナゴ、オイカワには存在せず、量差はあるものの、ギンブナ、ゲンゴロウブナ、金鱼のフナ种に特异的であることがわかった。また、金鱼に、より特徴的である、一端を欠いたHi-a配列(202bp)も同定した。2.Hi-b: Repeat position The results of similarity search, 5s-rDNA(120bp) and 5s-rDNA(120bp) were analyzed repeatedly. The fish species of the genus Pterocarpus are different from each other in species. A part of 5s-rDNA (about 80bp) contains repeated alignment in the same direction (about 145bp) and repeated alignment in the same direction (about 290bp). The above, repeated DNA, and future indicators are expected to clarify the location of the evolution of Buddhism and the classification of its heritage.