メチル基転移酵素METTL16による三重鎖構造を形成するRNAの認識機構の解明

甲基转移酶METTL16识别RNA形成三链体结构的机制的阐明

基本信息

  • 批准号:
    22KJ1805
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.09万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 财政年份:
    2023
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2023-03-08 至 2024-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

本研究の目的は、RNA三重鎖構造とメチル基転移酵素METTL16の細胞内における分子認識の機構を解明することである。核酸の関与する分子認識には、マイクロ秒からミリ秒のタイムスケールの一塩基対レベルの局所的な構造のダイナミクスが重要であることが報告されている。核酸の塩基対の開閉ダイナミクスはこのタイムスケールのダイナミクスを有していることが知られており、R1ρ緩和分散測定は、核酸の塩基対の開閉ダイナミクスを解析するために用いられる手法である。現在、RNA三重鎖構造の塩基対の開閉ダイナミクスの解析基盤としてDNA三重鎖構造を形成するDNAを用いて種々の解析を行っている。また、NMRでの解析に加えて伝統的に用いられてきたUVを用いた構造の融解温度(Tm)の解析も行っている。これらの解析を、細胞内のような分子込み合い環境を再現するために分子込み合い試薬を添加した溶液系で行い、添加していない系で得られた結果との比較を行った。分子込み合い試薬として頻繁に用いられるPEG 200を用いた溶液系で、従来のUVのみを用いた三重鎖構造全体の安定性の解析では得られなった塩基対分解能での開閉ダイナミクスの解析に成功した。その結果、PEG 200の三重鎖構造に対する影響は、鎖全体で一貫しておらず、残基の種類や位置によって複雑に影響を受けていることが示唆された。これは、生細胞内における三重鎖構造に関連した生命現象について、分子込み合い環境と希薄溶液環境では異なる可能性があることを示唆する結果である。
The purpose of this study was to elucidate the molecular mechanisms of intracellular RNA triple lock structure and the role of METTL16 in the regulation of RNA gene expression. The molecular understanding of nucleic acids is important for the development of molecular structures. The opening and closing of the nucleic acid base pair is determined by the method of R1p relaxation dispersion analysis. Now, the RNA triple lock structure of the base pair of open and close, the analysis of the base plate and the formation of DNA triple lock structure, the use of seed analysis The analysis of the melting temperature (Tm) of the structure by NMR and UV was carried out. The analysis of the molecule in the cell, the reproduction of the molecule in the solution, the addition of the molecule in the solution, the comparison of the results The analysis of the stability of the triple-locked structure of the molecular mixture in the solution system of PEG 200 was successful. As a result, the triple lock structure of PEG 200 has a consistent effect on the whole lock, and the type and position of residues have a complex effect on the lock. The triple lock structure is related to biological phenomena in biological cells. The molecular environment is different from the solution environment. The result is different.

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Analysis of structural dynamics of DNA triplex structures in the cell-mimicking molecular crowding environment
模拟细胞分子拥挤环境中 DNA 三链体结构的结构动力学分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Tomoki Sakamoto;Yudai Yamaoki;Takashi Nagata;Masato Katahira
  • 通讯作者:
    Masato Katahira
Investigation of the structural dynamics and interactions of RNAs in living human cells by in-cell NMR
通过细胞内 NMR 研究人类活细胞中 RNA 的结构动力学和相互作用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    山置佑大、Omar Eradl;近藤敬子、阪本知樹、永田崇、片平正人
  • 通讯作者:
    近藤敬子、阪本知樹、永田崇、片平正人
Base-pair opening dynamics of nucleic acids in living human cells studied by in-cell NMR and analysis of nucleic acid condensate
通过细胞内核磁共振和核酸凝聚物分析研究活人细胞中核酸的碱基对打开动力学
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Yudai Yamaoki;Takashi Nagata;Aika Kawakami;Tomoki Sakamoto;Omar Eladl;Keiko Kondo;Masato Katahira
  • 通讯作者:
    Masato Katahira
ヒト生細胞中における核酸の構造、ダイナミクス及び相互作用を解析するインセルNMR法の開発と応用
细胞内核磁共振方法的开发和应用,用于分析活体人类细胞中核酸的结构、动力学和相互作用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阪本知樹、山置佑大、Omar Eradl;近藤敬子、永田崇、片平正人
  • 通讯作者:
    近藤敬子、永田崇、片平正人
Structure, base pair opening/closing dynamics and interactions with ligands of nucleic acids in living human cells, as revealed by in-cell NMR
通过细胞内 NMR 揭示活体人类细胞中的结构、碱基对打开/关闭动力学以及与核酸配体的相互作用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Yudai Yamaoki;Tomoki Sakamoto;Omar Eladl;Keiko Kondo;Takashi Nagata;Masato Katahira
  • 通讯作者:
    Masato Katahira
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

阪本 知樹其他文献

量子構造生物学の創成を目指した酸化還元タンパク質の高精度立体構造解析
氧化还原蛋白的高精度三维结构分析旨在创建量子结构生物学
  • DOI:
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阪本 知樹;山置 佑大;永田 崇;片平 正人;平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
  • 通讯作者:
    平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
分子込み合い環境下におけるDNA三重鎖構造の塩基対の開閉ダイナミクスの緩和分散法を用いた解析
利用弛豫色散法分析分子拥挤环境下DNA三链体结构的碱基对开闭动力学
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阪本 知樹;山置 佑大;永田 崇;片平 正人
  • 通讯作者:
    片平 正人
ヒト生細胞内環境における三重鎖DNA分子の構造及びダイナミクスの解析
人体细胞内环境中三链DNA分子的结构和动力学分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阪本 知樹;山置 佑大;永田 崇;片平 正人
  • 通讯作者:
    片平 正人

阪本 知樹的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

相似海外基金

Specific Ion Separations by Controlling the Molecular Environment of Hydrated Polymers
通过控制水合聚合物的分子环境进行特定离子分离
  • 批准号:
    1947936
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
    Standard Grant
“Spin-Torch NMR”: Transfer of nuclear hyperpolarization to explore molecular environment
“旋转炬核磁共振”:转移核超极化以探索分子环境
  • 批准号:
    430238088
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
    Research Grants
A study on SLC15A3 as new regulator of molecular environment in lysosome and inflammation
SLC15A3作为溶酶体和炎症分子环境新调节因子的研究
  • 批准号:
    16K21655
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Development of ferroelectric crystals by dynamically controlling the molecular environment in charge transfer complex crystals
通过动态控制电荷转移复合晶体中的分子环境开发铁电晶体
  • 批准号:
    26620054
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
Molecular Environment-Tailored, Self-Assembled and Nanomorphology-Controlled Electron Acceptors for High-Performance Solar Cells
用于高性能太阳能电池的分子环境定制、自组装和纳米形态控制的电子受体
  • 批准号:
    1236272
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Development of novel nucleic acid materials that efficiently work in the intracellular molecular environment
开发在细胞内分子环境中有效工作的新型核酸材料
  • 批准号:
    21245040
  • 财政年份:
    2009
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
Influence of the Host Cell Molecular Environment on Toxoplasma Development
宿主细胞分子环境对弓形虫发育的影响
  • 批准号:
    7494409
  • 财政年份:
    2008
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
Influence of the Host Cell Molecular Environment on Toxoplasma Development
宿主细胞分子环境对弓形虫发育的影响
  • 批准号:
    7576118
  • 财政年份:
    2008
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
MOLECULAR ENVIRONMENT OF THE ACTION SITE OF ANESTHETICS
麻醉剂作用部位的分子环境
  • 批准号:
    09307036
  • 财政年份:
    1997
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
Study of Microscopic Molecular Environment Through which the Natural Radiative Lifetime is Determined
确定自然辐射寿命的微观分子环境研究
  • 批准号:
    01470010
  • 财政年份:
    1989
  • 资助金额:
    $ 1.09万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for General Scientific Research (B)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了