Assoziations-Analyse von SNP-Daten, die mit dem Expectation-Maximization-Algorithmus "In Silico" bestimmt wurden

使用“In Silico”期望最大化算法确定的 SNP 数据的关联分析

• 批准号: 81878785
• 负责人: Privatdozent Dr. Tim Becker
• 金额: --
• 依托单位: Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte (BfArM)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2008-12-31 至 2012-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/81878785?language=en
• 关键词: Assoziations; Analyse; von; SNP; Daten

Ziel des Projekts ist es, ein Softwarepaket zu entwickeln, das SNP-Daten auf Assoziation testen kann, die zunächst „In Silico“ mithilfe von HapMap-Daten oder Daten aus anderen Quellen bestimmt werden. Die Software soll speziell auf Genomweite Assoziationsstudien (GWAS) zugeschnitten sein und soll das dazu notwendige Datamanagement in einer öffentlich verfügbaren Plattform vereinfachen und unterstützten. Der zugrunde liegende Algorithmus für die Bestimmung der “In- Silico”-Genotypen soll eine Erweiterung des Expectation-Maximization-(EM- )Algorithmus sein, wie er in FAMHAP implementiert ist. Die Parameter die bei der Assoziationsanalyse der “In-Silico-Genotypen” auftreten sollen basierend auf den Ergebnissen einer großen Powersimulationsstudie optimiert werden. Die neue Methode soll mit existierenden Methoden für die Assoziationsanalyse von „In-Silico- Genotypen“ verglichen werden.

该项目是在软件包中，在协会测试中提供 SNP 数据，并通过“In Silico” mithilfe von HapMap-Datan 或 Daten aus anderen bestimmt werden。该软件是 Genomweite Assoziationsstudien (GWAS) 的专门软件，可在以下平台上进行数据管理。 “In-Silico”-Genotypen 的最佳算法是期望最大化 (EM-) 算法，位于 FAMHAP 实现中。参数是“In-Silico-Genotypen”关联分析中的一个基本参数，是 Powersimulationsstudie optimiert werden 的总体结果。新方法将与现有的方法一起分析“In-Silico-Genotypen”的方法。