糖鎖プロセシング酵素と相同性を有する酵素の立体構造解析に基づく新規オリゴ糖の創出
糖鎖プロセシング酵素と相同性を有する酵素の立体構造解析に基づく新規オリゴ糖の創出
批准号:
13J07279
负责人:
宮崎 剛亜
金额:
$1.32万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2013
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2013-04-01 至 2015-03-31
中文摘要
本研究は、真核生物の有するN結合型糖鎖プロセシング酵素およびそれと相同性を有する細菌由来機能未知酵素を対象とし、X線結晶構造解析に基づく反応機構の解明および基質特異性に関わるアミノ酸残基の特定、さらにグライコシンターゼ化による有用なオリゴ糖および糖鎖合成酵素を作出することを目的とした。前年度より引き続き、プロセシングα-グルコシダーゼⅠが属する糖質加水分解酵素ファミリー63(GH63)、そしてプロセシングα-グルコシダーゼⅡが属するファミリー31(GH31)の酵素について研究を行い、主に以下の成果を得た。1. 大腸菌由来GH63酵素YgjKは前年度までに二糖2-O-α-グルコシルガラクトースを生成する2種類のグライコシンターゼ変異体(D324NおよびE727A)を得ている。前年度に行った二糖との複合体構造解析に基づき新たな変異体を構築し、糖の合成能を比較した。その結果、GH63酵素の活性部位近傍に保存されているチロシン残基をフェニルアラニンに置換した変異体のオリゴ糖合成能が最も高いことがわかった。2. 近年グルコシル-/マンノシル-グリセリン酸加水分解酵素と同定された好熱菌由来GH63酵素(Tt8MGH)のX線結晶構造解析を行った。Tt8MGHのアポ構造、生成物であるグルコースまたはグリセリン酸との複合体構造を1.67-2.10 Å分解能で決定し、Tt8MGHに特徴的な3つのループが基質認識に関与していることがわかった。3. 細菌由来GH31機能未知酵素(PsGal31A)の大腸菌発現系の構築、組換え酵素の性質解析を行ったところ、GH31として初めてα-ガラクトシダーゼ活性を示す酵素であることがわかった。また、X線結晶構造解析によりPsGal31Aの立体構造を明らかにし、本酵素のユニークな基質特異性に関する知見を得た。以上の成果により、GH31およびGH63に属するユニークな基質特異性を有する加水分解酵素を新規なオリゴ糖合成酵素に変換するための基盤を確立した。
英文摘要
本研究は、真核生物の有するN結合型糖鎖プロセシング酵素およびそれと相同性を有する細菌由来機能未知酵素を対象とし、X線結晶構造解析に基づく反応機構の解明および基質特異性に関わるアミノ酸残基の特定、さらにグライコシンターゼ化による有用なオリゴ糖および糖鎖合成酵素を作出することを目的とした。前年度より引き続き、プロセシングα-グルコシダーゼⅠが属する糖質加水分解酵素ファミリー63(GH63)、そしてプロセシングα-グルコシダーゼⅡが属するファミリー31(GH31)の酵素について研究を行い、主に以下の成果を得た。1. 大腸菌由来GH63酵素YgjKは前年度までに二糖2-O-α-グルコシルガラクトースを生成する2種類のグライコシンターゼ変異体(D324NおよびE727A)を得ている。前年度に行った二糖との複合体構造解析に基づき新たな変異体を構築し、糖の合成能を比較した。その結果、GH63酵素の活性部位近傍に保存されているチロシン残基をフェニルアラニンに置換した変異体のオリゴ糖合成能が最も高いことがわかった。2. 近年グルコシル-/マンノシル-グリセリン酸加水分解酵素と同定された好熱菌由来GH63酵素(Tt8MGH)のX線結晶構造解析を行った。Tt8MGHのアポ構造、生成物であるグルコースまたはグリセリン酸との複合体構造を1.67-2.10 Å分解能で決定し、Tt8MGHに特徴的な3つのループが基質認識に関与していることがわかった。3. 細菌由来GH31機能未知酵素(PsGal31A)の大腸菌発現系の構築、組換え酵素の性質解析を行ったところ、GH31として初めてα-ガラクトシダーゼ活性を示す酵素であることがわかった。また、X線結晶構造解析によりPsGal31Aの立体構造を明らかにし、本酵素のユニークな基質特異性に関する知見を得た。以上の成果により、GH31およびGH63に属するユニークな基質特異性を有する加水分解酵素を新規なオリゴ糖合成酵素に変換するための基盤を確立した。
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α-ガラクトシダーゼ活性を示す新奇な細菌由来GH31グリコシダーゼのX線結晶構造解析
具有 α-半乳糖苷酶活性的新型细菌 GH31 糖苷酶的 X 射线晶体结构分析
DOI:
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发表时间:
2014
期刊:
影响因子:
--
作者:
[宮崎 剛亜, 市川 めぐみ, 西河 淳, 殿塚 隆史]
通讯作者:
殿塚 隆史
DOI:
10.1093/jb/mvu065
发表时间:
2015-04
期刊:
Journal of biochemistry
影响因子:
2.7
作者:
[T. Miyazaki;H. Yashiro;A. Nishikawa;T. Tonozuka]
通讯作者:
T. Miyazaki;H. Yashiro;A. Nishikawa;T. Tonozuka
Pedobacter saltans 由来GH31 α-ガラクトシダーゼとリガンドとの複合体構造解析
Pedobacter saltans GH31 α-半乳糖苷酶与配体复合物的结构分析
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[宮崎 剛亜, 石嵜 雄一, 西河 淳, 殿塚 隆史]
通讯作者:
殿塚 隆史
Crystal structure and substrate-binding mode of GH63 mannosylglycerate hydrolase from Thermus thermophilus HB8.
来自嗜热栖热菌 HB8 的 GH63 甘露糖基甘油酸水解酶的晶体结构和底物结合模式。
DOI:
10.1016/j.jsb.2015.02.006
发表时间:
2015
期刊:
Journal of Structural Biology
影响因子:
3
作者:
[Takatsugu Miyazaki, Megumi Ichikawa, Hitoshi Iino, Atsushi Nishikawa and Takashi Tonozuka]
通讯作者:
Atsushi Nishikawa and Takashi Tonozuka
Conformational changes and substrate recognition of an uncharacterized glycosidase YgjK belonging to GH63 from Escherichia coil.
属于大肠杆菌 GH63 的未表征糖苷酶 YgjK 的构象变化和底物识别。
DOI:
--
发表时间:
2013
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Takatsugu Miyazaki, Megumi Ichikawa, Haruhide Mori, Motomitsu Kitaoka, Yoshikazu Kitano, Atsushi Nishikawa and Tonozuka Tonozuka.]
通讯作者:
Atsushi Nishikawa and Tonozuka Tonozuka.
共 16 条
Development of oligosaccharide production by using novel alpha-glucan-hydrolyzing enzymes with strict substrate specificity
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批准号:23K05039
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额:$3.0万
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财政年份:2023
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负责人:宮崎 剛亜
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依托单位:
海外基金