高精度シス配列予測に基づく植物の不良土壌適応戦略の解明

基于高精度顺式序列预测阐明植物对贫瘠土壤的适应策略

• 批准号: 13J08738
• 负责人: 時澤 睦朋
• 金额: $ 1.73万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2016-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13J08738/
• 关键词: 土壌ストレス; シス配列; 合成プロモーター; プロモーター; アルミニウム; リンゴ酸トランスポーター

本研究グループが開発したシス配列予測法は、マイクロアレイデータなど網羅的な遺伝子発現情報をもとにプロモーター領域に濃縮するオクタマー配列を算出することでシス配列を予測する。この方法で予測したシス配列のみからなる合成プロモーターを作成し、そのプロモーターの発現プロファイルを観察することで、特定のプロモーターを指定せずに機械的にシス配列を同定することができる。本研究課題においては、保有するアルミニウム(Al)、塩化ナトリウム、カドミ二ウム、銅などの土壌ストレス処理を行ったシロイヌナズナのマイクロアレイデータを用いてシス配列を選抜し、合成プロモーターを作出した。しかし、本研究課題初年度に一足先に作出していた単独のシス配列をもつ合成プロモーターの解析では、発現が極めて弱いプロモーターしか作出できなかった。そのため、選抜したシス配列同士の共局在性を情報学的に考慮して、シス配列をコンビネーションで持つ合成プロモーターを共同研究者と63コンストラクト作成した。最終的にはシングルエレメントの合成プロモーターと合わせて100個以上のコンストラクトを作成した。平成26年度から27年度にかけては植物への作成したコンストラクトの組換えと、シングルコピーで挿入された植物体の選抜を行った。そのため、平成27年度においては、ほぼすべての組換え植物体の作成とライン化を終了することができた。さらに、これら作成した植物体を用いてAlと塩化ナトリウムストレスへの応答性を確認した。その結果、少なくともAlストレスで応答する7個の合成プロモーターと8個の塩化ナトリウムストレスで応答するコンビネーションの合成プロモーターの作出に成功した。さらにストレス強度や時間的に異なる発現プロファイルを示す合成プロモーターが作出できており、この結果は異なるトランス因子により制御されるシス配列が同定できていることを強く示唆している。

In this study, the method for predicting the distribution of the open source data collected from the database was used to calculate the distribution of the open source data collected from the database and predict the distribution of the open source data collected from the database. The method includes the following steps of: predicting the position of the composite material; creating the composite material; detecting the position of the composite material; specifying the position of the composite material; and determining the mechanical position of the composite material. This research topic is about the selection and synthesis of materials, such as aluminum (Al), copper (Al) and copper (Al). At the beginning of this study, we made a preliminary study on the analysis and discovery of the unique configuration of the system. The co-researcher of this paper is a co-researcher of the 63-year-old computer science. Finally, more than 100 samples were synthesized. In 2007, the plant was selected for the first time. In 2007, the plant was reassembled and transformed. In addition, it is necessary to make sure that the plant body is used in the process of production. As a result, 7 synthetic solutions and 8 synthetic solutions were successfully developed. The intensity and timing of the event are different, and the result is different. The event is controlled by the event factor.

项目成果

Transcriptional regulation of Aluminum tolerance genes by STOP1 transcription factor in Arabidopsis thaliana

拟南芥中STOP1转录因子对铝耐受基因的转录调控

• 发表时间: 2015
• 作者: Tokizawa M;Enomoto T;Kobayashi Y;Tada Y;Yamamoto YY;Koyama H
• 通讯作者: Koyama H

シロイヌナズナリンゴ酸トランスポーターALMT1遺伝子の複雑な転写制御機構の解析

拟南芥苹果酸转运蛋白ALMT1基因复杂转录调控机制分析

• 发表时间: 2014
• 作者: 時澤睦朋;小林佑理子;齋藤竜典;井内聖;小林正智;野元美佳;多田安臣;山本義治;小山博之
• 通讯作者: 小山博之

シロイヌナズナリンゴ酸トランスポーターALMT1遺伝子のアルミニウム応答の解析

拟南芥苹果酸转运蛋白ALMT1基因铝反应分析

• 发表时间: 2014
• 作者: 時澤睦朋;小林安文;小林佑理子;井内聖;小林正智;野元美佳;多田安臣;山本義治;小山博之
• 通讯作者: 小山博之