Modeling Functional Elements using CRISPR Screening

使用 CRISPR 筛选对功能元件进行建模

基本信息

  • 批准号:
    10404656
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 44.63万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2019
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2019-08-08 至 2024-05-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Project Summary The recent development of genome-wide CRISPR/Cas9 screening technology (“CRISPR screens”) identifies functional genes associated with phenotype of interest in a fast and high-throughput manner. Besides protein-coding genes, novel screening techniques enable the functional interrogation of non- coding elements and genetic interactions. We have developed a series of computational algorithms and softwares for the design, quality control, analysis, visualization and interpretation of CRISPR screens. Among these, the MAGeCK/MAGeCK-VISPR algorithms have been widely used for analyzing screening data. In this proposal, we aim to develop the statistical and computational models to improve the functional interrogation of protein-coding genes, and to extend it to study non-coding elements and genetic interactions. Specifically, we propose to: Aim 1. Improve functional gene identification from CRISPR screens, from integrating screening data from heterogenous background and viewing the data in a pathway manner; Aim 2. Develop the design and analysis algorithms for non-coding CRISPR functional studies, and predict functional enhancers across various cell types. Aim 3. Study genetic interactions from CRISPR screens targeting gene pairs, by modeling this novel type of screening data. At the conclusion of these studies, we will have developed several analysis algorithms for CRISPR screens of various types, facilitating the functional studies of genes, non-coding elements and genetic interactions. These algorithms will be made easy and convenient for experimental biologists to answer important biological questions about the functions of protein-coding genes, non-coding elements and genetic interactions.
项目摘要 全基因组CRISPR/Cas9筛选技术(“CRISPR筛选”)的最新发展 以快速和高通量的方式鉴定与感兴趣的表型相关的功能基因。 除了蛋白质编码基因外,新型筛选技术还可以对非蛋白质进行功能询问。 编码元件和遗传相互作用。我们已经开发了一系列的计算算法, 用于CRISPR筛选的设计、质量控制、分析、可视化和解释的软件。 其中,MAGeCK/MAGeCK-VISPR算法已被广泛用于分析 筛选数据。 在这个建议中,我们的目标是开发统计和计算模型,以提高功能 询问蛋白质编码基因,并将其扩展到研究非编码元件和遗传 交互.具体而言,我们建议:目标1。通过CRISPR改进功能基因鉴定 筛选,从整合筛选数据从异质背景和查看数据在一个 途径方式;目标2.开发非编码CRISPR功能的设计和分析算法 研究,并预测各种细胞类型的功能增强子。目标3.研究遗传相互作用 从CRISPR筛选靶向基因对,通过建模这种新型的筛选数据。 在这些研究结束时,我们将开发出几种CRISPR分析算法。 各种类型的筛选,促进基因,非编码元件和遗传学的功能研究 交互.这些算法将变得简单和方便实验生物学家回答 关于蛋白质编码基因、非编码元件和 基因相互作用

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Wei Li其他文献

Light Harvesting and Enhanced Performance of Si Quantum Dot/Si Nanowire Heterojunction Solar Cells
硅量子点/硅纳米线异质结太阳能电池的光收集和性能增强
  • DOI:
    10.1002/ppsc.201500192
  • 发表时间:
    2016-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Ling Xu;Wei Li;Linwei Yu;Kunji Chen
  • 通讯作者:
    Kunji Chen

Wei Li的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Wei Li', 18)}}的其他基金

Developing a novel disease-targeted anti-angiogenic therapy for CNV
开发针对 CNV 的新型疾病靶向抗血管生成疗法
  • 批准号:
    10726508
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
Integrative genomic and functional genomic studies to connect variant to function for CAD GWAS loci
整合基因组和功能基因组研究,将 CAD GWAS 位点的变异与功能联系起来
  • 批准号:
    10639274
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
IMAT-ITCR Collaboration: Develop deep learning-based methods to identify subtypes of circulating tumor cells from optical microscope images
IMAT-ITCR 合作:开发基于深度学习的方法,从光学显微镜图像中识别循环肿瘤细胞的亚型
  • 批准号:
    10675886
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
The Pathophysiological Role of Cerebellar Glia in Rett Syndrome
小脑胶质细胞在 Rett 综合征中的病理生理学作用
  • 批准号:
    10183494
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
The role and mechanism of necrosis in glioblastoma
坏死在胶质母细胞瘤中的作用和机制
  • 批准号:
    10097263
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
The role and mechanism of necrosis in glioblastoma
坏死在胶质母细胞瘤中的作用和机制
  • 批准号:
    10330992
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
The Pathophysiological Role of Cerebellar Glia in Rett Syndrome
小脑胶质细胞在 Rett 综合征中的病理生理学作用
  • 批准号:
    10591567
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
The role and mechanism of necrosis in glioblastoma
坏死在胶质母细胞瘤中的作用和机制
  • 批准号:
    10553723
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
The Pathophysiological Role of Cerebellar Glia in Rett Syndrome
小脑胶质细胞在 Rett 综合征中的病理生理学作用
  • 批准号:
    10380144
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
A new drug entity for combination therapy of diabetic retinopathy
糖尿病视网膜病变联合治疗的新药物实体
  • 批准号:
    10255782
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:

相似海外基金

How Does Particle Material Properties Insoluble and Partially Soluble Affect Sensory Perception Of Fat based Products
不溶性和部分可溶的颗粒材料特性如何影响脂肪基产品的感官知觉
  • 批准号:
    BB/Z514391/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Training Grant
BRC-BIO: Establishing Astrangia poculata as a study system to understand how multi-partner symbiotic interactions affect pathogen response in cnidarians
BRC-BIO:建立 Astrangia poculata 作为研究系统,以了解多伙伴共生相互作用如何影响刺胞动物的病原体反应
  • 批准号:
    2312555
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Standard Grant
RII Track-4:NSF: From the Ground Up to the Air Above Coastal Dunes: How Groundwater and Evaporation Affect the Mechanism of Wind Erosion
RII Track-4:NSF:从地面到沿海沙丘上方的空气:地下水和蒸发如何影响风蚀机制
  • 批准号:
    2327346
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Graduating in Austerity: Do Welfare Cuts Affect the Career Path of University Students?
紧缩毕业:福利削减会影响大学生的职业道路吗?
  • 批准号:
    ES/Z502595/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Fellowship
Insecure lives and the policy disconnect: How multiple insecurities affect Levelling Up and what joined-up policy can do to help
不安全的生活和政策脱节:多种不安全因素如何影响升级以及联合政策可以提供哪些帮助
  • 批准号:
    ES/Z000149/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Research Grant
感性個人差指標 Affect-X の構築とビスポークAIサービスの基盤確立
建立个人敏感度指数 Affect-X 并为定制人工智能服务奠定基础
  • 批准号:
    23K24936
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
How does metal binding affect the function of proteins targeted by a devastating pathogen of cereal crops?
金属结合如何影响谷类作物毁灭性病原体靶向的蛋白质的功能?
  • 批准号:
    2901648
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Studentship
Investigating how double-negative T cells affect anti-leukemic and GvHD-inducing activities of conventional T cells
研究双阴性 T 细胞如何影响传统 T 细胞的抗白血病和 GvHD 诱导活性
  • 批准号:
    488039
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Operating Grants
New Tendencies of French Film Theory: Representation, Body, Affect
法国电影理论新动向:再现、身体、情感
  • 批准号:
    23K00129
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
The Protruding Void: Mystical Affect in Samuel Beckett's Prose
突出的虚空:塞缪尔·贝克特散文中的神秘影响
  • 批准号:
    2883985
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 44.63万
  • 项目类别:
    Studentship
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了