HUMAN SMALL NUCLEAR RNAS WITH NOVEL NUCLEOTIDE SEQUENCES

具有新型核苷酸序列的人小核 RNA

基本信息

  • 批准号:
    3303773
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 17.67万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    1991
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    1991-05-01 至 1995-04-30
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

We have synthesized and Cloned novel cDNA probes for three new human small nucleolar RNAs of unique nucleotide sequences, that will be named R, S and T. RNAs R, S and T appear to be true small RNA species, as opposed to breakdown products of large RNAs, because their cDNAs hybridize to a small RNA, but not to large RNA, in agarose gel Northern blots. Our long-term objective is to determine the function of RNAs R, S and T. It is reasonable to suspect that these small RNAs are involved in some aspect of ribosome production, because of their nucleolar location. Sequence complementarities between RNAs R-T and pre-rRNA are compatible with possible roles in pre-rRNA processing. This proposal focuses on testing the hypothesis that these small RNAs may function in the pathway of ribosome biogenesis. Our first goal is to determine the sequence of the -42 nucleotides located at the 5' end of RNA S. Some molecules of RNAs T and S are psoralen-crosslinked in vivo to large nucleolar RNA. This large nucleolar RNA consists of two main bands when hybridized with the S DNA probe: one migrates near 28S rRNA and the other is larger. Our second goal is to find out whether a small percentage of the molecules of RNAs R-T: a) behave as if specifically associated with pre-rRNA RNP particles or pre-rRNA and b) can be specifically psoralen-crosslinked in vivo to pre-rRNA, and, if so, to map approximately the location of the intermolecular crosslink in pre-rRNA. The third goal is the identification of the probes or system necessary to specifically lower the level of available, intact molecules of RNAs R-T. One antisense oligodeoxynucleotide targets the specific degradation of the RNA T present in a nucleolar extract. The first choice is to locate the accessible regions of RNAs R-T in nucleolar extracts and whole cells, using antisense oligodeoxynucleotide-targeted degradation. Alternative approaches are discussed. Nucleotide sequences that are highly conserved through evolution tend to be functionally important. Then, in our fourth goal a phylogenetic comparison of the nucleotide sequences of RNAs R-T should identify the conserved sequences. The fifth goal is to test the effect of the induced decrease of the level of available, intact molecules of RNAs R, S and T on the pathway of ribosome formation in whole cells or cell-free systems. There are important questions about the proteins with which these small RNAs may associate, and about the 5' ends of these small RNAs, using as probes currently available antibodies. We wish to ask those questions as this project progresses, when time allows it.
我们合成并克隆了三个新的人类小分子的cdna探针。 唯一核苷酸序列的核仁RNA,将命名为R,S和 T.RNAs R、S和T似乎是真正的小RNA种,而不是 大RNA的分解产物,因为它们的cDNA杂交成小的 琼脂糖凝胶Northern blotts中的RNA,但不是大的RNA。我们的长期合作 目的:确定R、S和T三种核糖核酸的功能。 有理由怀疑这些小RNA参与了 核糖体的产生,因为它们的核仁位置。数列 RNA R-T和Pre-rRNA之间的互补性与 在前rRNA加工中可能扮演的角色。这份提案的重点是测试 假设这些小RNA可能在以下途径发挥作用 核糖体生物发生。我们的第一个目标是确定 -42个核苷酸位于RNAS的5‘端。一些RNAs T分子 和S在体内将补骨脂素交联到大核仁RNA上。这么大 核仁核糖核酸与S脱氧核糖核酸杂交时由两条主带组成 探针:一个在28S rRNA附近迁移,另一个较大。我们的第二个目标 是为了找出一小部分RNA分子R-T:A) 表现得就像是与前rRNA RNP颗粒或 Pre-rRNA和b)可以在体内特异性地与补骨脂素交联,从而 Pre-rRNA,如果是这样的话,映射大约 Pre-rRNA中的分子间交联。第三个目标是识别 所需的探头或系统来明确降低 可用的、完整的RNAs R-T分子一种反义 寡核苷酸靶向RNA T的特异性降解 在核仁提取液中。第一个选择是找到可访问的 利用反义技术研究核仁提取液和全细胞中RNAs R-T区域 寡核苷酸靶向降解。另一种方法是 讨论过。高度保守的核苷酸序列 进化往往在功能上很重要。然后,在我们的第四个目标a RNAs R-T核苷酸序列的系统发育比较应 鉴定保守序列。第五个目标是测试 导致可利用的、完整的RNA分子水平的下降 R、S和T在全细胞和无细胞核糖体形成途径中的应用 系统。有一些关于蛋白质的重要问题,这些蛋白质 小RNA可以结合在这些小RNA的5‘端左右,使用 作为目前可用的抗体探针。我们想问这些问题 随着这个项目的进展,在时间允许的情况下。

项目成果

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