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OMSys: Towards a systems model of a bacterial outer membrane

OMSys：建立细菌外膜的系统模型

基本信息

批准号：
BB/H000658/1
负责人：
Syma Khalid
金额：
$ 37.7万
依托单位：
University of Southampton
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2009
资助国家：
英国
起止时间：
2009 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FH000658%2F1
关键词：
OMSys Towards systems model bacterial

项目摘要

Many bacteria have an outer membrane which is the interface between the cell and its environment. The components of this membrane are well studied at an individual level, but there is a need to model and understand the outer membrane as a whole. In this project we aim to develop such a model of a bacterial outer membrane, linking computer simulations of the component molecules through to a more 'systems biology' approach to modelling the outer membrane as a whole. Such an approach to modelling an OM must be multi-scale i.e. it must embrace a number of levels ranging from atomistic level modelling of e.g. the component proteins through to higher level 'agent-based' modelling of the interplay of multiple components within the outer membrane as a whole. The different levels of description will be integrated to enable predictive modelling in order to explore the roles of outer membrane changes in e.g. antibiotic resistance.

许多细菌都有一个外膜，它是细胞和环境之间的界面。这种膜的成分在个体水平上得到了很好的研究，但需要对外膜作为一个整体进行建模和理解。在这个项目中，我们的目标是开发这样一个细菌外膜模型，将成分分子的计算机模拟联系起来，通过一种更“系统生物学”的方法来对外膜进行整体建模。这种建模OM的方法必须是多尺度的，也就是说，它必须包括多个层次，从组成蛋白质的原子级建模到作为整体的外膜内多个组分相互作用的更高级别的基于试剂的建模。将整合不同级别的描述，以实现预测性建模，以便探索外膜变化在例如抗生素耐药性中的作用。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Interaction of the antimicrobial peptide polymyxin B1 with both membranes of E. coli: a molecular dynamics study.

DOI：
10.1371/journal.pcbi.1004180
发表时间：
2015-04
期刊：
PLoS computational biology
影响因子：
4.3
作者：
Berglund NA;Piggot TJ;Jefferies D;Sessions RB;Bond PJ;Khalid S
通讯作者：
Khalid S

Dynamics of Crowded Vesicles: Local and Global Responses to Membrane Composition.

DOI：
10.1371/journal.pone.0156963
发表时间：
2016
期刊：
PloS one
影响因子：
3.7
作者：
Holdbrook DA;Huber RG;Piggot TJ;Bond PJ;Khalid S
通讯作者：
Khalid S

DOI：
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作者：
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作者：
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作者：
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作者：
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Syma Khalid其他文献

Simulation Studies of Transport of Hydrophobic Compounds through Outer Membrane Proteins of Gram Negative Bacteria

DOI：
10.1016/j.bpj.2011.11.2358
发表时间：
2012-01-31
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Pragya Chohan;Syma Khalid;Mark Sansom
通讯作者：
Mark Sansom

Melittin vs E.coli: Insights from Molecular Dynamics Simulations

DOI：
10.1016/j.bpj.2010.12.2912
发表时间：
2011-02-02
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Syma Khalid;Thomas J. Piggot
通讯作者：
Thomas J. Piggot

Interactions of polymyxin B1 with the gram-negative inner membrane: A simulation study

DOI：
10.1016/j.bpj.2022.11.2043
发表时间：
2023-02-10
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Dhanushka Weerakoon;Jan K. Marzinek;Peter J. Bond;Conrado Pedebos;Syma Khalid
通讯作者：
Syma Khalid