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Guided activation as a model for transcription factor networks determining cell fate

引导激活作为转录因子网络决定细胞命运的模型

基本信息

批准号：
BB/T007761/1
负责人：
Nicoletta Bobola
金额：
$ 88.39万
依托单位：
University of Manchester
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2020
资助国家：
英国
起止时间：
2020 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FT007761%2F1
关键词：
Guided activation model transcription factor

项目摘要

The hundreds of different cell types in our body contain the same genetic instructions but produce different proteins because they express different genes. Gene expression is controlled by a class of proteins, called transcription factors (TFs). Therefore, TFs determine the differences in cell types and, when malfunctioning, cause a wide range of disease states. TFs recognize precise sequences in the genome to find their target genes. It is well established that TFs access their target genes much more efficiently when they operate in groups, but we still do not understand how these clusters of TFs, once bound to their target sequences in the genome, activate gene expression. We will address this fundamental question in biology through state-of- the-art experimental technologies and computational methods. Collectively, these results will provide new insight into how cell states are established, with direct relevance for efficient cell reprogramming and the generation of specific cell types.

我们体内数百种不同的细胞类型包含相同的遗传指令，但产生不同的蛋白质，因为它们表达不同的基因。基因表达由一类称为转录因子（TF）的蛋白质控制。因此，TF决定了细胞类型的差异，当发生故障时，会导致广泛的疾病状态。TF识别基因组中的精确序列以找到它们的靶基因。已经确定的是，当TF在组中操作时，它们更有效地访问它们的靶基因，但是我们仍然不理解这些TF簇一旦与基因组中的靶序列结合，如何激活基因表达。我们将通过最先进的实验技术和计算方法来解决生物学中的这个基本问题。总的来说，这些结果将为细胞状态如何建立提供新的见解，与有效的细胞重编程和特定细胞类型的产生直接相关。

项目成果

期刊论文数量（9）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

DeepReGraph co-clusters temporal gene expression and cis-regulatory elements through heterogeneous graph representation learning

DOI：
10.12688/f1000research.114698.1
发表时间：
2022-05
期刊：
F1000Research
影响因子：
0
作者：
Jesús Fernando Cevallos Moreno;P. Zarrineh;Aminael Sánchez-Rodríguez;Massimo Mecella
通讯作者：
Jesús Fernando Cevallos Moreno;P. Zarrineh;Aminael Sánchez-Rodríguez;Massimo Mecella

Molecular Characterization of HOXA2 and HOXA3 Binding Properties.

DOI：
10.3390/jdb9040055
发表时间：
2021-12-03
期刊：
Journal of developmental biology
影响因子：
2.7
作者：
Mallen J;Kalsan M;Zarrineh P;Bridoux L;Ahmad S;Bobola N
通讯作者：
Bobola N

HOX paralogs selectively convert binding of ubiquitous transcription factors into tissue-specific patterns of enhancer activation.

DOI：
10.1371/journal.pgen.1009162
发表时间：
2020-12
期刊：
PLoS genetics
影响因子：
4.5
作者：
Bridoux L;Zarrineh P;Mallen J;Phuycharoen M;Latorre V;Ladam F;Losa M;Baker SM;Sagerstrom C;Mace KA;Rattray M;Bobola N
通讯作者：
Bobola N

Combinatorial action of NF-Y and TALE at embryonic enhancers defines distinct gene expression programs during zygotic genome activation in zebrafish.

DOI：
10.1016/j.ydbio.2019.12.003
发表时间：
2019-12
期刊：
Developmental biology
影响因子：
2.7
作者：
W. Stanney;Franck Ladam;I. Donaldson;Teagan J. Parsons;R. Maehr;N. Bobola;C. Sagerström
通讯作者：
W. Stanney;Franck Ladam;I. Donaldson;Teagan J. Parsons;R. Maehr;N. Bobola;C. Sagerström

A spatio-temporally constrained gene regulatory network directed by PBX1/2 acquires limb patterning specificity via HAND2

由 PBX1/2 指导的时空受限基因调控网络通过 HAND2 获得肢体模式特异性