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Chromatin architecture and regulation

染色质结构和调控

基本信息

批准号：
MC_UU_00007/13
负责人：
Nick Gilbert
金额：
$ 149.59万
依托单位：
University of Edinburgh
依托单位国家：
英国
项目类别：
Intramural
财政年份：
2018
资助国家：
英国
起止时间：
2018 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=MC_UU_00007%2F13
关键词：
Chromatin architecture regulation

项目摘要

In human cells, DNA, our genetic blueprint, is precisely folded with proteins in a complex called chromatin. This serves two purposes, to protect DNA from damage and to regulate how DNA is read by molecular machines, in a process called transcription; mistakes in reading DNA lead to altered proteins and change cell function. The regions of our genomes that need to be read are called genes and despite many years research we do not understand how DNA is folded up inside cells, particularly at the specialised regions in front of genes called promoters and enhancers. In this programme we will develop new tools to map the 3D structures of DNA/proteins in human cells and create a high resolution map of our genomes. We will then focus on mapping the structure of specific promoters and enhancers for genes that are well known to be important for human disease and identify the molecular mechanisms for controlling promoter folding and function. This project will provide fundamental insight into how DNA is packaged and regulated in human cells. This information will subsequently enable us to investigate how chromatin folding is altered in disease and to develop new therapies to correct these changes.

在人类细胞中，DNA，我们的遗传蓝图，与蛋白质精确地折叠在一个称为染色质的复合体中。这有两个目的，保护DNA免受损伤，并在一个称为转录的过程中调节分子机器如何读取DNA;阅读DNA的错误导致蛋白质改变并改变细胞功能。我们的基因组中需要被读取的区域被称为基因，尽管经过多年的研究，我们仍然不知道DNA在细胞内是如何折叠的，特别是在称为启动子和增强子的基因前面的专门区域。在这个项目中，我们将开发新的工具来绘制人类细胞中DNA/蛋白质的3D结构，并创建我们基因组的高分辨率地图。然后，我们将专注于绘制已知对人类疾病重要的基因的特定启动子和增强子的结构，并确定控制启动子折叠和功能的分子机制。该项目将提供有关DNA如何在人类细胞中包装和调节的基本见解。这些信息随后将使我们能够研究染色质折叠在疾病中是如何改变的，并开发新的治疗方法来纠正这些变化。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Parameter-free molecular super-structures quantification in single-molecule localization microscopy.

DOI：
10.1083/jcb.202010003
发表时间：
2021-05-03
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
0
作者：
Marenda M;Lazarova E;van de Linde S;Gilbert N;Michieletto D
通讯作者：
Michieletto D

Mechanistic modeling of chromatin folding to understand function

DOI：
10.1038/s41592-020-0852-6
发表时间：
2020-06-08
期刊：
NATURE METHODS
影响因子：
48
作者：
Brackey, Chris A.;Marenduzzo, Davide;Gilbert, Nick
通讯作者：
Gilbert, Nick

The many length scales of DNA packaging.

DNA 包装的多种长度尺度。

DOI：
10.1042/ebc20190040
发表时间：
2019
期刊：
Essays in biochemistry
影响因子：
6.4
作者：
Gilbert N
通讯作者：
Gilbert N

Transcription modulates chromatin dynamics and locus configuration sampling.

DOI：
10.1038/s41594-023-01059-8
发表时间：
2023-09
期刊：
NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY
影响因子：
16.8
作者：
Forte, Giada;Buckle, Adam;Boyle, Shelagh;Marenduzzo, Davide;Gilbert, Nick;Brackley, Chris A. A.
通讯作者：
Brackley, Chris A. A.

Common Fragile Sites Are Characterized by Faulty Condensin Loading after Replication Stress.

DOI：
10.1016/j.celrep.2020.108177
发表时间：
2020-09-22
期刊：
Cell reports
影响因子：
8.8
作者：
Boteva L;Nozawa RS;Naughton C;Samejima K;Earnshaw WC;Gilbert N
通讯作者：
Gilbert N

DOI：
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作者：
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作者：
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作者：
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Nick Gilbert其他文献

Chromatin modified in a molecular reaction chamber

在分子反应室中修饰的染色质

DOI：
10.1038/d41586-020-00638-9
发表时间：
2020-03-11
期刊：
NATURE
影响因子：
48.500
作者：
Nick Gilbert;Fred van Leeuwen
通讯作者：
Fred van Leeuwen

The role of chromatin structure in regulating the expression of clustered genes

染色质结构在调节成簇基因表达中的作用

DOI：
10.1038/nrg1688
发表时间：
2005-09-09
期刊：
NATURE REVIEWS GENETICS
影响因子：
52.000
作者：
Duncan Sproul;Nick Gilbert;Wendy A. Bickmore
通讯作者：
Wendy A. Bickmore

Genome organization: experiments and modelling

基因组组织：实验和建模

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nick Gilbert;Davide Marenduzzo
通讯作者：
Davide Marenduzzo

SuperStructure: a Parameter-Free Super-Structure Identifier for SMLM Data

SuperStructure：SMLM 数据的无参数超结构标识符

DOI：
10.1101/2020.08.19.254540
发表时间：
2020
期刊：
bioRxiv
影响因子：
0
作者：
M. Marenda;E. Lazarova;S. V. D. Linde;Nick Gilbert;Davide Michieletto
通讯作者：
Davide Michieletto

S05-01. Polycomb repressive complexes are required to maintain compact chromatin structure at Hox loci

DOI：
10.1016/j.mod.2009.06.954
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Ragnhild Eskeland;Duncan Sproul;Graeme Grimes;Shelagh Boyle;Martin Lieb;Clemence Kress;Nick Gilbert;Helle F. Jorgensen;Amanda G. Fisher;Arthur I. Skoultchi;Anton Wutz;Wendy A. Bickmore
通讯作者：
Wendy A. Bickmore