Long Range Interactions in Mu and Bacterial DNA
Mu 和细菌 DNA 的长程相互作用
基本信息
- 批准号:6544737
- 负责人:
- 金额:$ 28.63万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:1983
- 资助国家:美国
- 起止时间:1983-07-01 至 2006-06-30
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
DESCRIPTION (provided by applicant): DNA domain formation is critical for eukaryotic and prokaryotic cells alike. The dynamics of DNA movement inside a living cell is a central problem in biology. How DNA is twisted, turned, tangled, and untangled is a major problem that impinges on cellular enzymes that perform functions like transcription, genetic recombination, chromosome segregation, and replication. Domain regulation underpins cell development and gene regulation in organisms as diverse as man (i.e. hematopoesis) and bacteria (i.e. in adapting to a harsh environment). A method that uses the Tn_ site-specific recombination pathway has been developed to study supercoil dynamics and domain structure inside living cells. This analysis can be performed at any desired point in the bacterial genome.Using our system, several types of domain boundaries have been located. The most abundant barrier class occurs during replication and these barriers are located stochastically over the sequence with an average spacing of 30 kb. Rarer sequence specific barriers arise from transcription at very active promoter and at gene clusters that encode membrane-inserted proteins. We plan to derive the global pattern of domain structure by analyzing at least 50 test intervals that span the genomes of E. coli and S. enterica serovar Typhimurium. One aim is to see if conserved operons that encode clusters of membrane proteins are position specific barriers. There are 23 of these operons in the sequenced genomes of E. coIi and Salmonella that have remained at fixed points in the drifting genomes. Second, we will identify mutants that change DNA domain structure at two critical points for controlling cell division-- the origin and terminus of DNA replication. Third, we will characterize proteins that alter DNA dynamics. The results from these studies will provide critical information about how DNA dynamics influences a wide variety of biochemical processes on DNA. They will also shed light on the mechanisms by which chromosomes achieve structural stability over deep time.
描述(由申请人提供):DNA结构域的形成对于真核细胞和原核细胞都是至关重要的。活细胞内DNA运动的动力学是生物学中的一个中心问题。DNA如何扭曲、翻转、纠缠和解开是影响细胞酶的一个主要问题,这些酶执行转录、基因重组、染色体分离和复制等功能。结构域调控是人体(即造血)和细菌(即适应恶劣环境)等不同生物中细胞发育和基因调控的基础。发展了一种利用TN_位点特异性重组途径来研究活细胞内超线圈动力学和结构域结构的方法。这种分析可以在细菌基因组中的任何想要的点上进行。使用我们的系统,已经定位了几种类型的结构域边界。最丰富的势垒类出现在复制过程中,并且这些势垒以30kb的平均间距随机地位于序列上方。更罕见的序列特异性障碍来自非常活跃的启动子和编码膜插入蛋白的基因簇的转录。我们计划通过分析跨越大肠杆菌和鼠伤寒沙门氏菌基因组的至少50个测试间隔来得出结构域结构的全球模式。一个目的是观察编码膜蛋白簇的保守操纵子是否是位置特异性障碍。在已测序的大肠杆菌和沙门氏菌基因组中,有23个操纵子保留在漂移基因组中的固定点。其次,我们将确定在控制细胞分裂的两个关键点--DNA复制的起点和终点--改变DNA结构域结构的突变体。第三,我们将描述改变DNA动态的蛋白质。这些研究的结果将为DNA动力学如何影响DNA上的各种生化过程提供关键信息。他们还将阐明染色体在很长一段时间内实现结构稳定的机制。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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Mu 和细菌 DNA 的长程相互作用
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