Updating Chromosome Aberration Simulator (CAS) Software
更新染色体畸变模拟器 (CAS) 软件
基本信息
- 批准号:6668099
- 负责人:
- 金额:$ 20.72万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2003
- 资助国家:美国
- 起止时间:2003-07-15 至 2007-06-30
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
DESCRIPTION (provided by applicant): Enzymatic misrepair of DNA damage induced by ionizing radiation during the G0/G1 phase of the cell cycle produces chromosome aberrations, such as translocations and dicentrics. Chromosome aberrations can cause major disruptions of function, including cell death, mutation and neoplasia. Radiogenic aberrations are important in biodosimetry, carcinogenesis risk estimation, and tumor radiotherapy treatment planning. They are closely related to aberrations used in characterizing specific tumor types and to large-scale genome rearrangements considered in modern comparative genomics. Recent work has shown that radiogenic exchange-type aberrations are often complex, involving interactions between more than two DNA double strand breaks. To characterize and analyze spectra of complex aberrations adequately, computer simulations are needed, and are now commonly used. The pioneering software, developed by a Berkeley/Harvard team, is CAS (chromosome aberration simulator), a package implementing basic biophysical models of aberration formation via Monte Carlo, Markov chain calculations of break misrejoining, taking into account chromosome geometry in an interphase cell nucleus. The CAS open source software has been successfully applied in joint work with many groups worldwide, and broad support among radiation cytogeneticists for the idea of internet bioinformatics has been identified. The proposed project is the following: 1) reengineer CAS to take advantage of experience with earlier versions and recent progress in aberration theory; 2) make CAS more user-friendly as an open source internet resource; and 3), extend CAS in various ways to keep up with current rapid experimental advances, e.g. in aberration detection technology. An interdisciplinary team has been assembled for this project. The grant would ensure that a computer resource important to the radiation cytogenetics community is kept fully current and readily available.
描述(由申请方提供):细胞周期G 0/G1期电离辐射诱导的DNA损伤的酶误修复产生染色体畸变,如易位和双着丝粒。染色体畸变可导致功能的重大破坏,包括细胞死亡、突变和瘤形成。放射性畸变在生物剂量学、致癌风险评估和肿瘤放射治疗计划中具有重要意义。它们与用于表征特定肿瘤类型的畸变和现代比较基因组学中考虑的大规模基因组重排密切相关。最近的工作表明,放射性交换型畸变往往是复杂的,涉及两个以上的DNA双链断裂之间的相互作用。为了充分表征和分析复杂像差的光谱,需要计算机模拟,并且现在通常使用。由伯克利/哈佛团队开发的开创性软件是CAS(染色体畸变模拟器),这是一个通过蒙特卡洛实现畸变形成的基本生物物理模型的软件包,马尔可夫链计算断裂错位,考虑到间期细胞核中的染色体几何形状。CAS开源软件已成功地应用于与世界各地的许多团体的联合工作,并广泛支持放射细胞遗传学家的互联网生物信息学的想法已经确定。建议的项目如下:1)重新设计CAS,以利用早期版本的经验和畸变理论的最新进展; 2)使CAS作为开放源代码的互联网资源更加用户友好;以及3)以各种方式扩展CAS,以跟上当前快速的实验进展,例如畸变检测技术。为此项目组建了一个跨学科小组。这笔赠款将确保对辐射细胞遗传学界很重要的计算机资源保持充分的最新和随时可用。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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