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A Specialised Computational Resource for Biomolecular Simulation

用于生物分子模拟的专用计算资源

基本信息

批准号：
BB/F011407/1
负责人：
Charles Laughton
金额：
$ 9.7万
依托单位：
University of Nottingham
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2008
资助国家：
英国
起止时间：
2008 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FF011407%2F1
关键词：
Specialised Computational Resource Biomolecular Simulation

项目摘要

Molecular dynamics is a computer simulation method that allows one to visualise the ways in which molecules change shape, whether that is just as a result of thermal energy or as a result of interactions - maybe with other proteins or with small molecules, for example drugs. These changes in shape are critical for the ways in which biomolecules 'work', but at the moment no other experimenatl method allows us to styudy this clearly at the atomic level. Understanding molecular dynamics is vital if we are to explain how cell signalling works (and so for drug design), how cells, and ultimately whole organisms, move, and how to build artificial 'molecular machines' for nanotechnological applications.

分子动力学是一种计算机模拟方法，它允许人们可视化分子改变形状的方式，无论这是由于热能还是由于相互作用的结果——可能是与其他蛋白质或小分子，例如药物。这些形状的变化对于生物分子的“工作”方式至关重要，但目前还没有其他实验方法允许我们在原子水平上清楚地研究这一点。如果我们要解释细胞信号如何工作（以及药物设计），细胞以及最终整个生物体如何运动，以及如何为纳米技术应用构建人工“分子机器”，那么理解分子动力学是至关重要的。

项目成果

期刊论文数量（9）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Nucleic acid simulations themed issue.

核酸模拟主题问题。

DOI：
10.1039/b921472k
发表时间：
2009
期刊：
PCCP
影响因子：
0
作者：
Laughton CA
通讯作者：
Laughton CA

Atomistic simulations reveal bubbles, kinks and wrinkles in supercoiled DNA.

DOI：
10.1093/nar/gkq1312
发表时间：
2011-05
期刊：
Nucleic acids research
影响因子：
14.9
作者：
Mitchell JS;Laughton CA;Harris SA
通讯作者：
Harris SA

A comprehensive model for the recognition of human telomeres by TRF1.

DOI：
10.1016/j.jmb.2013.05.005
发表时间：
2013-08-23
期刊：
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
影响因子：
5.6
作者：
Garton, Michael;Laughton, Charles
通讯作者：
Laughton, Charles

A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA.

DOI：
10.1093/nar/gkp834
发表时间：
2010-01
期刊：
Nucleic acids research
影响因子：
14.9
作者：
Lavery R;Zakrzewska K;Beveridge D;Bishop TC;Case DA;Cheatham T 3rd;Dixit S;Jayaram B;Lankas F;Laughton C;Maddocks JH;Michon A;Osman R;Orozco M;Perez A;Singh T;Spackova N;Sponer J
通讯作者：
Sponer J

Determination of DNA structural detail using radioprobing

使用放射性探测确定 DNA 结构细节