DE NOVO PROTEIN STRUCTURE GENERATION FROM INCOMPLETE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENTS
不完整的化学位移分配从头生成蛋白质结构
基本信息
- 批准号:7957681
- 负责人:
- 金额:$ 0.14万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2009
- 资助国家:美国
- 起止时间:2009-09-01 至 2010-08-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:BiologyChemicalsComputer Retrieval of Information on Scientific Projects DatabaseDataFundingFungal GenomeGenerationsGrantInstitutionMethodsProcessProteinsProtocols documentationResearchResearch PersonnelResourcesSimulateSourceStructureUnited States National Institutes of Healthimprovedprotein structuresolid state nuclear magnetic resonance
项目摘要
This subproject is one of many research subprojects utilizing the
resources provided by a Center grant funded by NIH/NCRR. The subproject and
investigator (PI) may have received primary funding from another NIH source,
and thus could be represented in other CRISP entries. The institution listed is
for the Center, which is not necessarily the institution for the investigator.
NMR chemical shifts provide important local structural information for proteins. Consistent structure generation from NMR chemical shift data has recently become feasible for proteins with sizes of up to 130 residues, and such structures are of a quality comparable to those obtained with the standard NMR protocol. This study investigates the influence of the completeness of chemical shift assignments on structures generated from chemical shifts. The Chemical-Shift-Rosetta (CS-Rosetta) protocol was used for de novo protein structure generation with various degrees of completeness of the chemical shift assignment, simulated by omission of entries in the experimental chemical shift data previously used for the initial demonstration of the CS-Rosetta approach. In addition, a new CS-Rosetta protocol is described that improves robustness of the method for proteins with missing or erroneous NMR chemical shift input data. This strategy, which uses traditional Rosetta for pre-filtering of the fragment selection process, is demonstrated for two paramagnetic proteins and also for two proteins with solid-state NMR chemical shift assignments.
这个子项目是许多研究子项目中的一个
由NIH/NCRR资助的中心赠款提供的资源。子项目和
研究者(PI)可能从另一个NIH来源获得了主要资金,
因此可以在其他CRISP条目中表示。所列机构为
研究中心,而研究中心不一定是研究者所在的机构。
NMR化学位移为蛋白质提供了重要的局部结构信息。一致的结构生成NMR化学位移数据最近已成为可行的蛋白质的大小高达130个残基,这样的结构是一个质量与标准的NMR协议获得的。本研究探讨了化学位移归属的完整性对化学位移产生的结构的影响。化学位移Rosetta(CS-Rosetta)方案用于从头蛋白质结构生成,具有不同程度的化学位移分配完整性,通过省略先前用于CS-Rosetta方法初始演示的实验化学位移数据中的条目进行模拟。此外,描述了一种新的CS-Rosetta协议,该协议提高了该方法对于具有丢失或错误的NMR化学位移输入数据的蛋白质的鲁棒性。这种策略,它使用传统的Rosetta预过滤的片段选择过程中,证明了两个顺磁性蛋白质,也为两个蛋白质与固态NMR化学位移分配。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
Ad - Bax其他文献
Ad - Bax的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('Ad - Bax', 18)}}的其他基金
NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE--NEW METHODS AND MOLECULAR STRUCTURE DETERMINATION
核磁共振--分子结构测定的新方法
- 批准号:
6432089 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Nuclear Magnetic Resonance--new Methods And Molecular St
核磁共振--新方法与分子研究
- 批准号:
6546637 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Nuclear Magnetic Resonance--new Methods And Molecular St
核磁共振--新方法与分子研究
- 批准号:
7152050 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Nuclear Magnetic Resonance--new Methods And Molecular St
核磁共振--新方法与分子研究
- 批准号:
6810190 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Study of nucleic acid structure by novel NMR methods
通过新型 NMR 方法研究核酸结构
- 批准号:
7734035 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Structural study of the Ly49A T cell recognition domain
Ly49A T细胞识别域的结构研究
- 批准号:
7593498 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Nuclear Magnetic Resonance--new Methods And Molecular St
核磁共振--新方法与分子研究
- 批准号:
6673405 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Nuclear Magnetic Resonance--new Methods And Molecular St
核磁共振--新方法与分子研究
- 批准号:
7336246 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Study of membrane protein structure by NMR spectroscopy: the KcsA channel
通过 NMR 波谱研究膜蛋白结构:KcsA 通道
- 批准号:
7593482 - 财政年份:
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
相似海外基金
PINK - Provision of Integrated Computational Approaches for Addressing New Markets Goals for the Introduction of Safe-and-Sustainable-by-Design Chemicals and Materials
PINK - 提供综合计算方法来解决引入安全和可持续设计化学品和材料的新市场目标
- 批准号:
10097944 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
EU-Funded
Safe and Sustainable by Design framework for the next generation of Chemicals and Materials
下一代化学品和材料的安全和可持续设计框架
- 批准号:
10110559 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
EU-Funded
The University of Liverpool and Pegasus Chemicals Limited KTP 22_23 R5
利物浦大学和飞马化学有限公司 KTP 22_23 R5
- 批准号:
10063790 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Knowledge Transfer Partnership
Removal of Perfluorinated Chemicals Using New Fluorinated Polymer Sorbents
使用新型氟化聚合物吸附剂去除全氟化化学品
- 批准号:
LP220100036 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Linkage Projects
Optimising Nature's pharmacies: plant chemicals and pollinator health at the landscape scale
优化大自然的药房:景观尺度上的植物化学物质和传粉媒介健康
- 批准号:
NE/Y000285/1 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Research Grant
Building Synthetic Biofilm Consortia for Polyfluorinated Chemicals Biodegradation
建立多氟化学品生物降解合成生物膜联盟
- 批准号:
2343831 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Standard Grant
CAS-SC: Tuning Hydrocarbon Products from Temperature-Gradient Thermolysis of Polyolefins and the Subsequent Upcycling to Functional Chemicals
CAS-SC:调整聚烯烃温度梯度热解的碳氢化合物产品以及随后升级为功能化学品
- 批准号:
2411680 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Standard Grant
Converting lignin condensed structures into high-value polyaromatic hydrocarbon chemicals by controlled pyrolysis
通过受控热解将木质素缩合结构转化为高价值的多芳烃化学品
- 批准号:
24K17940 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
INSIGHT: Integrated Models for the Development and Assessment of High Impact Chemicals and Materials
洞察力:高影响化学品和材料开发和评估的综合模型
- 批准号:
10097888 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
EU-Funded
ELectrochemical OXidation of cYclic and biogenic substrates for high efficiency production of organic CHEMicals (ELOXYCHEM)
用于高效生产有机化学品的循环和生物底物的电化学氧化 (ELOXYCHEM)
- 批准号:
10110221 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.14万 - 项目类别:
EU-Funded