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High Performance Computing Cluster for Biomedical Research at VCU

VCU 生物医学研究高性能计算集群

基本信息

批准号：
7794505
负责人：
MENG CUI
金额：
$ 41.69万
依托单位：
VIRGINIA COMMONWEALTH UNIVERSITY
依托单位国家：
美国
项目类别：
财政年份：
2010
资助国家：
美国
起止时间：
2010-06-15 至 2013-06-14
项目状态：
已结题

项目摘要

DESCRIPTION (provided by applicant): The goal of this application is to enhance the computational capabilities at Virginia Commonwealth University (VCU), and benefit the researchers and students on the MCV Campus of VCU, who are interested in using advanced computational methods to investigate the relationship between structure and function of macromolecules at the atomic level. We wish to acquire a new High Performance Computing Cluster (HPCC) to meet a rapidly growing demand for tasks such as molecular modeling and simulation, computational structural biology, bioinformatics, NMR, and X-ray crystallography. By using this state-of-the-art computational facility, scientists can dramatically accelerate their research, reduce the costs for wet-lab experiments, and shorten the period of drug discovery for diseases. By developing and sharing this computational facility a team of investigators will build an environment to nurture collaborations between members and enhance an interdisciplinary research effort at VCU. This facility could also become a resource to attract new investigators to enrich biomedical research at VCU. PUBLIC HEALTH RELEVANCE: Modern biomedical research strongly depends on high-performance computing and powerful computational resources. Advanced computational simulations will help scientists explore the relationship between structure and function of macromolecules at the atomic level, and accelerate the process of structure-based drug discovery for prevention or cure of human diseases.

描述（由申请人提供）：本申请的目标是增强弗吉尼亚联邦大学（VCU）的计算能力，并使 VCU MCV 校区有兴趣使用先进计算方法在原子水平上研究大分子结构与功能之间关系的研究人员和学生受益。我们希望获得一个新的高性能计算集群 (HPCC)，以满足分子建模和模拟、计算结构生物学、生物信息学、NMR 和 X 射线晶体学等任务快速增长的需求。通过使用这种最先进的计算设施，科学家可以极大地加速他们的研究，降低湿实验室实验的成本，并缩短疾病药物发现的周期。通过开发和共享这一计算设施，研究人员团队将营造一个培养成员之间合作的环境，并加强弗吉尼亚联邦大学的跨学科研究工作。该设施还可以成为吸引新研究人员以丰富弗吉尼亚联邦大学生物医学研究的资源。公共健康相关性：现代生物医学研究强烈依赖高性能计算和强大的计算资源。先进的计算模拟将帮助科学家在原子水平上探索大分子的结构和功能之间的关系，并加速基于结构的药物发现过程，以预防或治疗人类疾病。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Computerized Molecular Modeling for Discovering Promising Glycosaminoglycan Oligosaccharides that Modulate Protein Function.

用于发现有前景的调节蛋白质功能的糖胺聚糖寡糖的计算机分子模型。

DOI：
10.1007/978-1-0716-1398-6_41
发表时间：
2022
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
0
作者：
Sankaranarayanan,NehruViji;Desai,Umesh
通讯作者：
Desai,Umesh

Inhibition of Kir4.1 potassium channels by quinacrine.

DOI：
10.1016/j.brainres.2017.03.009
发表时间：
2017-05-15
期刊：
Brain research
影响因子：
2.9
作者：
Marmolejo-Murillo LG;Aréchiga-Figueroa IA;Cui M;Moreno-Galindo EG;Navarro-Polanco RA;Sánchez-Chapula JA;Ferrer T;Rodríguez-Menchaca AA
通讯作者：
Rodríguez-Menchaca AA

Solution NMR characterization of chemokine CXCL8/IL-8 monomer and dimer binding to glycosaminoglycans: structural plasticity mediates differential binding interactions.