"Gene Trafficking on an Evolving X Chromosome in Drosophila"
“果蝇进化 X 染色体上的基因贩运”
基本信息
- 批准号:8436307
- 负责人:
- 金额:$ 28.19万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2010
- 资助国家:美国
- 起止时间:2010-03-01 至 2014-02-28
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:Alternative SplicingComputer AnalysisDataDefectDosage Compensation (Genetics)Drosophila genusEvolutionFertilityGene DuplicationGene ExpressionGene Expression ProfileGenesGeneticGenetic PolymorphismGenomeGenomicsHeadHumanLarvaLocationMale InfertilityModelingMolecularMolecular ProfilingMovementOvaryPatternPopulationPopulation GeneticsPropertyRelative (related person)Sex BiasSex ChromosomesSystemTestingTestisTissuesX ChromosomeX InactivationY Chromosomeautosomebasecomparativecomparative genomicsdeep sequencingdriving forceduplicate genesflyfunctional genomicsgenome analysisgenome sequencinggenome-wideimprovedmalenovelpressureresponsesample fixationsextraffickingtranscriptome sequencingtranscriptomics
项目摘要
Genes are distributed non-randomly across the genome. One intriguing pattern to emerge from genome-wide expression profiling is that genes with sex-biased expression that is, genes that are differentially expressed between the sexes show a biased distribution on sex chromosomes. In particular, male-biased genes are depleted from the Drosophila X chromosome, such that the X has become demasculinized. The deficiency of male-biased genes can partly be explained by movement of male genes off the X chromosome. The evolutionary forces underlying these patterns are controversial and may involve male germline X inactivation, sexual antagonism, or dosage compensation mechanisms. Drosophila miranda - a species for which we recently generated a de novo genome sequence assembly - has a newly formed sex chromosome system. Its neo-Y chromosome is in transition from an ordinary autosome to a degenerate Y. In response, the neo-X is evolving the stereotypical properties of a differentiated X, including the acquisition of partial dosage compensation and - as suggested by preliminary data - an excess of gene translocations originating from its neo-X. D. Miranda therefore provides a unique system to study the mechanisms of gene trafficking on an evolving X chromosome and its evolutionary causes in action using a comparative and functional genomics approach.
基因在基因组中的分布是非随机的。从全基因组表达谱中出现的一个有趣的模式是,具有性别偏见表达的基因,即性别之间差异表达的基因,在性染色体上显示出偏见的分布。具体地说,果蝇X染色体上的男性偏向基因被耗尽,导致X染色体去维管化。男性偏向基因的缺失可以部分解释为男性基因从X染色体上移开。这些模式背后的进化力量是有争议的,可能涉及雄性生殖系X失活、性对抗或剂量补偿机制。我们最近为一个物种米兰达果蝇生成了从头开始的基因组序列组合,它有一个新形成的性染色体系统。它的neo-Y染色体正在从普通的常染色体向退化的Y过渡。作为回应,neo-X正在进化分化X的刻板印象,包括获得部分剂量补偿,以及--正如初步数据所表明的--来自其neo-X的过量基因易位。因此,D.米兰达提供了一种独特的系统,利用比较基因组学和功能基因组学方法研究进化中的X染色体上的基因转移机制及其进化原因。
项目成果
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