Core C: Biostatistics and Bioinformatics Core

核心 C:生物统计学和生物信息学核心

基本信息

  • 批准号:
    9280199
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 32.38万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

PROJECT SUMMARY The main purpose of this proposed U19 program project (PPG) is to comprehensively identify male osteoporosis risk genes and their functions. This PPG application will conduct multi-/inter-disciplinary convergence/integration analyses to study and integrate the crosstalk/interaction among multi-level omics obtained from the three individual component projects. The program project involves extensive data management and complex analyses. Such analyses require organic and simultaneous consideration of data from multiple component projects, and demand powerful and innovative integrative analysis methodology. Thus, it is necessary to set up/maintain a Biostatistics and Bioinformatics Core (BBC), focusing on the repurpose of existing, and development and application of novel, integrative analysis approaches. The main Objective of the BBC is to serve as a backbone support resource for experimental design refinement, data quality control, management, integration, analyses and interpretation, and serve as a synergizer to foster data and information exchange and collaboration for individual projects/cores in the PPG. Built upon the Core members’ close and long-time collaboration and extensive experience in multi-omics data analyses, this BBC will provide indispensable services through the following Specific Aims: 1) To deliver efficient support and services for data management, including high quality data entry and management database implementation and maintenance, data quality control, safety, monitoring, sharing, etc. 2) To provide strong support for and to conduct extensive biostatistics, bioinformatics, and integrative analyses. Closely working with the PPG project investigators, the BBC will support both single-level omics data analyses and perform integrative analyses of multi-level omics data. Particularly, the BBC will pioneer a sophisticated integrative analysis strategy. This highly innovative strategy will link DNA/miRNA/methylation data through anchoring on gene- based mRNA hubs for constructing unified function multi-omics modules, which will then be used in functional gene unit and disease association analyses. 3) To evaluate, validate, and apply novel, robust and powerful integrative analysis methods for identifying/characterizing (epi-)genes and variants for complex diseases. The novel methods will be developed (mainly in a recently funded R01) under rigorous statistical frameworks, and characterize and incorporate among- omics crosstalk/interactions, along with prior biological information, for studying the causal relationship between multi-omics data and diseases. The innovative methods will be applied to and empirically tested on the multi-omics data obtained from this PPG. The services provided by the Core will be used by all other PPG projects and cores. Overall, the BBC will be efficient, capable and powerful to serve all the PPG projects, and in particular the overall goal of this PPG that intends to integrate the individual project results.
项目摘要 这项拟议的U19计划项目(PPG)的主要目的是全面识别男性 骨质疏松症危险基因及其功能。此PPG应用程序将进行多学科/跨学科 收敛/整合分析,以研究和整合所获得的多层次组学之间的串扰/相互作用 三个独立的项目。该计划项目涉及广泛的数据管理和 复杂的分析。这种分析需要有机地同时考虑来自多个组成部分的数据 项目,并要求强大的和创新的综合分析方法。因此,有必要设置 建立/维护生物统计学和生物信息学核心(BBC),专注于现有和发展的重新用途 和新的综合分析方法的应用。 BBC的主要目标是作为实验设计改进的骨干支持资源, 数据质量控制、管理、整合、分析和解释,并作为促进数据 以及PPG中各个项目/核心的信息交换和协作。 基于核心成员的密切和长期合作以及在多组学数据方面的丰富经验 分析,这个BBC将通过以下具体目标提供不可或缺的服务: 1)为数据管理提供有效的支持和服务,包括高质量的数据输入和 管理数据库的实施和维护,数据质量控制,安全,监控,共享等。 2)为生物统计学、生物信息学和综合分析提供强有力的支持并进行广泛的生物统计学、生物信息学和综合分析。 BBC将与PPG项目调查人员密切合作,支持单水平组学数据分析, 对多层次组学数据进行综合分析。特别是,英国广播公司将开创一个复杂的综合 分析策略。这种高度创新的策略将通过锚定在基因上来连接DNA/miRNA/甲基化数据, 基于mRNA hubs构建统一的功能多组学模块,然后将其用于功能基因 单位和疾病关联分析。 3)评估,验证和应用新颖,稳健和强大的综合分析方法, 鉴定/表征复杂疾病的(表观)基因和变体。新的方法将被开发出来 (主要是在最近资助的R 01),在严格的统计框架下,并描述和纳入- 组学串扰/相互作用,沿着先前的生物信息,用于研究 多组学数据和疾病。这些创新方法将应用于多组学研究并进行实证检验 从该PPG获得的数据。 核心项目提供的服务将被PPG的所有其他项目和核心项目使用。总的来说,BBC将在 高效,有能力和强大的服务所有PPG项目,特别是这个PPG的总体目标, 我们希望整合各个项目的成果。

项目成果

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