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Effectors of retrotransposon movement

逆转录转座子运动的效应器

基本信息

批准号：
10224748
负责人：
David J. Garfinkel
金额：
$ 44.25万
依托单位：
UNIVERSITY OF GEORGIA
依托单位国家：
美国
项目类别：
财政年份：
2018
资助国家：
美国
起止时间：
2018-09-01 至 2024-07-31
项目状态：
已结题

来源：
https://reporter.nih.gov/project-details/10224748
关键词：
Address Adopted Affect Affinity Chromatography Binding Biochemical Biochemistry Biological Biological Assay Biology CDK6-associated protein p18 Capsid Capsid Proteins Cells Cellular biology Collaborations Complementary DNA Complex Cryo-electron tomography Cryoelectron Microscopy DNA Polymerase III Data Defective Viruses Defense Mechanisms Dose Elements Enzymes Escape Mutant Eukaryota Evolution GAG Gene Genes Genetic Genome Genomics Goals HIV HIV-1 Integrase Left Long Terminal Repeats Maps Mediating Methods Molecular Chaperones Movement Nature Nuclear Export Nucleic Acids Oncogenic Parasites Peptide Hydrolases Process Production Proteins RNA RNA Polymerase III Reading Frames Recording of previous events Research Research Personnel Resistance Retroelements Retrotransposon Retroviridae Retrovirology Reverse Transcription Role Saccharomyces Saccharomyces cerevisiae Shapes Sheep Site Structure System Transcript Translating Universities Variant Virus Virus Assembly Virus-like particle Work Yeasts base cofactor flexibility genome sciences genomic RNA genomic data information model inhibitor/antagonist insight interdisciplinary approach interest medical schools multidisciplinary new therapeutic target novel particle structural biology three dimensional structure

项目摘要

PROJECT SUMMARY/ABSTRACT Effectors of retrotransposon movement The retrovirus-like transposon Ty1 of Saccharomyces is an informative model for understanding how retrotransposons and retroviruses mobilize, shape the genome, and interact with host and element encoded factors. The additive nature of the retroelement replication cycle can result in massive increases in copy number if left unchecked. Host cells have countered with several defense systems, including domestication of retroelement genes that now act as restriction factors to minimize propagation. We discovered a truncated form of the Ty1 capsid protein that inhibits virus-like particle assembly and function. This self-encoded restriction factor expands the repertoire of defense proteins targeting the capsid. Our work also highlights an intriguing host-parasite strategy. Instead of inhibiting all transposon movement by domesticating the restriction gene as a distinct locus, yeast and Ty1 may have coevolved a relationship that allows high levels of transposition when copy numbers are low and progressively less transposition as copy numbers rise. Our goal is to understand the mechanism and evolution of Ty1 copy number control by a combination of genetic, genomic, cell biological, biochemical and structural approaches.

项目摘要/摘要反转录转座子运动效应因子酵母菌的逆转录病毒样转座子Ty1是一个信息模型，可以用来了解反转录转座子和逆转录病毒动员基因组，塑造基因组，并与宿主和编码的元件相互作用各种因素。反转录元件复制周期的加性性质会导致拷贝的大量增加如果未选中，则为数字。宿主细胞已经用几种防御系统进行了反击，包括驯化反转录因子基因现在起到限制因素的作用，以最大限度地减少繁殖。我们发现了一个截断的 Ty1衣壳蛋白的一种形式，可抑制病毒样颗粒的组装和功能。这是自编码限制因子扩大了针对衣壳的防御蛋白的谱系。我们的工作还突出了一个耐人寻味的宿主-寄生虫策略。而不是通过驯化限制来抑制所有转座子的移动基因作为一个不同的位点，酵母和Ty1可能已经共同进化出一种关系，允许高水平的当拷贝数低时换位，随着拷贝数增加，换位逐渐减少。我们的目标是为了了解Ty1拷贝数控制的机制和进化是由遗传、基因组、细胞生物学、生化和结构方法。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Genome Assembly of the Ty1-Less Saccharomyces paradoxus Strain DG1768.

DOI：
10.1128/mra.00868-21
发表时间：
2022-01-20
期刊：
Microbiology resource announcements
影响因子：
0.8
作者：
Chen J;McQueary H;Hall DW;Philippsen P;Garfinkel DJ;Bergman CM
通讯作者：
Bergman CM

Structure of a Ty1 restriction factor reveals the molecular basis of transposition copy number control.

DOI：
10.1038/s41467-021-25849-0
发表时间：
2021-09-22
期刊：
Nature communications
影响因子：
16.6
作者：
Cottee MA;Beckwith SL;Letham SC;Kim SJ;Young GR;Stoye JP;Garfinkel DJ;Taylor IA
通讯作者：
Taylor IA

Reproducible evaluation of transposable element detectors with McClintock 2 guides accurate inference of Ty insertion patterns in yeast.

DOI：
10.1186/s13100-023-00296-4
发表时间：
2023-07-14
期刊：
MOBILE DNA
影响因子：
4.9
作者：
Chen, Jingxuan;Basting, Preston J.;Han, Shunhua;Garfinkel, David J.;Bergman, Casey M.
通讯作者：
Bergman, Casey M.

Cell Compartment-Specific Folding of Ty1 Long Terminal Repeat Retrotransposon RNA Genome.

DOI：
10.3390/v14092007
发表时间：
2022-09-10
期刊：
Viruses
影响因子：
0
作者：
Zawadzka M;Andrzejewska-Romanowska A;Gumna J;Garfinkel DJ;Pachulska-Wieczorek K
通讯作者：
Pachulska-Wieczorek K

RNA Binding Properties of the Ty1 LTR-Retrotransposon Gag Protein.

DOI：
10.3390/ijms22169103
发表时间：
2021-08-23
期刊：
International journal of molecular sciences
影响因子：
5.6
作者：
Gumna J;Andrzejewska-Romanowska A;Garfinkel DJ;Pachulska-Wieczorek K
通讯作者：
Pachulska-Wieczorek K

DOI：
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作者：
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David J. Garfinkel其他文献

Erratum to: ribosomal protein and biogenesis factors affect multiple steps during movement of the Saccharomyces cerevisiae Ty1 retrotransposon

DOI：
10.1186/s13100-016-0060-1
发表时间：
2016-02-09
期刊：
Mobile DNA
影响因子：
3.100
作者：
Susmitha Suresh;Hyo Won Ahn;Kartikeya Joshi;Arun Dakshinamurthy;Arun Kannanganat;David J. Garfinkel;Philip J. Farabaugh
通讯作者：
Philip J. Farabaugh

A self-encoded capsid derivative restricts Ty1 retrotransposition in Saccharomyces

DOI：
10.1007/s00294-015-0550-6
发表时间：
2015-12-09
期刊：
CURRENT GENETICS
影响因子：
1.600
作者：
David J. Garfinkel;Jessica M. Tucker;Agniva Saha;Yuri Nishida;Katarzyna Pachulska-Wieczorek;Leszek Błaszczyk;Katarzyna J. Purzycka
通讯作者：
Katarzyna J. Purzycka