Bioinformatics Core

生物信息学核心

基本信息

  • 批准号:
    10733235
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 11.19万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2023
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2023-07-05 至 2028-06-30
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

Summary: The Bioinformatics Core is the primary data management and analysis arm of the UP-PDTC. Of note, the Bioinformatics Core will include biostatistics, bioinformatic and data management. The Bioinformatics Core enhances the productivity of the proposed project investigators, PDX Core and, eventually the PDXNet by providing them access to a statistical/bioinformatics/data management team who possess expertise in study design and conduct, and data analysis in patient derived xenotransplantation studies including the analysis of genomic, proteomic and RNA sequencing data. Timely and in-depth collaboration ensures that the proposed studies are designed, managed, analyzed, and reported to the highest standard and provide valid and robust answers to the scientific questions that the U54 project seeks to address. Importantly, Bioinformatics Core personnel will work with other experts in PDXNet to ensure a consensus of tumor and response measurement which can be widely used across the network. The Core is located within the Department of Biostatistics, Epidemiology and Informatics, and the Institute for Biomedical Informatics (IBI) at Penn Perelman School of Medicine. The DBEI and IBI are interdisciplinary homes for faculty, staff and students specialized in biostatistics, epidemiology, and clinical/bioinformatics research on campus. Furthermore, Dr. Long is a Professor of Biostatistics and Director of the Biostatistics and Informatics Core for the Abramson Cancer Center. Through his roles, Dr. Long has substantial experience addressing clinically relevant endpoints for pre-clinical studies which will be necessary for development of XP2 trials using biomarkers to guide development of expected human Phase 2 trials. Dr. E. Paul Wileyto is an experienced biostatistician with expertise in pre-clinical study design including tumor measurements and appropriate study design. Dr. Taehyong Kim is Interim Director of Bioinformatics Core at the Penn Institute for Biomedical Informatics with extensive experience in analysis of NGS data, RNA sequencing and other omic data. This team has already contributed to definitions of tumor volume and growth in PDX models as well as to planned XP2 studies in Projects 1 and 2. Importantly, a major role of the Bioinformatics Core will be studies of tumor changes during serial transplantation. These studies will involve multi-omics analysis for Project Two and the development of novel potential biomarkers using artificial intelligence. Project One will work closely with Bioinformatics personnel to apply recently developed techniques to study leukemia cell phenotypic evolution using deconvolution of RNA seq data using CIBERSORTx. This novel approach will help define leukemic cell evolution in vivo to a degree never previously done.
总结: 生物信息学核心是UP-PDTC的主要数据管理和分析部门。值得注意的是, 生物信息学核心将包括生物统计学,生物信息学和数据管理。生物信息学核心 通过以下方式提高拟议项目调查员、PDX核心以及最终PDXNet的生产力: 为他们提供访问统计/生物信息学/数据管理团队谁拥有研究的专业知识, 患者来源的异种移植研究的设计和实施以及数据分析,包括分析 基因组、蛋白质组和RNA测序数据。及时和深入的合作确保拟议的 研究的设计、管理、分析和报告符合最高标准,并提供有效和可靠的 这是U 54项目试图解决的科学问题的答案重要的是,生物信息学核心 工作人员将与PDXNet的其他专家合作,以确保肿瘤和反应测量的共识 其可以在网络上广泛使用。该中心位于生物统计学系, 流行病学和信息学,以及生物医学信息学研究所(IBI)在宾夕法尼亚大学佩雷尔曼学院 药DBEI和IBI是生物统计学专业的教职员工和学生的跨学科之家, 流行病学和校园临床/生物信息学研究。此外,龙博士是生物统计学教授 艾布拉姆森癌症中心生物统计学和信息学核心主任。通过他的角色,朗博士 具有解决临床前研究的临床相关终点的丰富经验,这将是必要的 用于开发使用生物标志物的XP 2试验,以指导预期的人类2期试验的开发。Dr. E.保罗 Wileyto是一位经验丰富的生物统计学家,具有临床前研究设计(包括肿瘤测量)方面的专业知识 适当的研究设计。Taehyong Kim博士是宾夕法尼亚研究所生物信息学核心的临时主任 在NGS数据分析、RNA测序和其他组学领域拥有丰富的经验 数据该团队已经为PDX模型中肿瘤体积和生长的定义做出了贡献, 计划在项目1和2中进行XP 2研究。重要的是,生物信息学核心的主要作用将是研究 连续移植期间的肿瘤变化。这些研究将涉及项目二的多组学分析, 使用人工智能开发新的潜在生物标志物。项目一将与 生物信息学人员应用最新开发的技术研究白血病细胞表型进化, 使用CIBERSORTx的RNA seq数据的解卷积。这种新的方法将有助于定义白血病细胞 在体内进化到前所未有的程度。

项目成果

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