Therapeutic target discovery in ADSP data via comprehensive whole-genome analysis incorporating ethnic diversity and systems approaches

通过结合种族多样性和系统方法的全面全基因组分析,在 ADSP 数据中发现治疗靶点

基本信息

  • 批准号:
    10247242
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 11.27万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2018
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2018-09-30 至 2023-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Project Summary/Abstract The goal of this two-year Research Diversity Supplement for the “Therapeutic target discovery in ADSP data via comprehensive whole-genome analysis incorporating ethnic diversity and systems approaches” parent award (U01AG058589) is to provide Dr. Nafikov with necessary skills to establish an independent research program in genetics of Alzheimer’s and other neurodegenerative diseases. Alzheimer’s disease (AD) is one of the leading causes of death in the elderly, cannot be cured or prevented, and is projected to impose a huge socioeconomic burden on our society by the middle of this century. Although significant efforts have been made to uncover the genetics of earlier-onset AD, the genetic basis of more common late-onset form of the disease awaits discovery. Thus, the overall objective of the current proposal is to identify new genes and/or biochemical pathways for late-onset AD (LOAD) using haplotype-based variant prioritization method developed by Dr. Nafikov and colleagues for pedigree-based analysis. Because haplotypes can allow evaluation of the joint effects of multiple rare genetic variants, recently implicated in complex diseases such as LOAD, the proposed analytical approach will test the role of these variants in the disease development. First, haplotype-based variant prioritization will be performed within already-defined linkage regions in families from the AD Sequencing Project (ADSP). A list of potential AD risk variants will be prioritized further using bioinformatics and omics integrative analyses. Second, replication analysis and integration of findings in all available ADSP samples will be performed using haplotype association analysis within genomic regions of interest in subgroups of the ADSP samples, followed by possible meta analyses across subgroups. Dr. Nafikov’s research activities will contribute to the following aims of the parent award: Aim 1: To fully characterize known AD loci and to identify novel protective and risk variants for AD by exploiting the full range of genetic variability revealed by WGS including single nucleotide polymorphisms, small insertion/deletions, and structural variants and Aim 3: To functionally characterize genes, gene networks, and systems, via bioinformatics and omics integrative analyses to identify putative therapeutic targets. The training activities for this award will take place at the University of Washington under the mentorship of Dr. Ellen Wijsman, who is internationally recognized experts in Statistical and Human Genetics. Dr. Nafikov has a background in biochemistry and statistics but will be trained in Human and Statistical Genetics. The training component of the award will include participation in seminars, conferences, and workshops on Statistical Genetics, Neurobiology, and Biology of Aging. 1
项目总结/摘要 这项为期两年的研究多样性补充的目标是“治疗靶点发现 在ADSP数据中,通过全面的全基因组分析, 系统方法”父奖(U 01 AG 058589)是为Nafikov博士提供必要的 技能,以建立一个独立的研究计划,在遗传学的阿尔茨海默氏症和其他 神经退行性疾病阿尔茨海默病(AD)是老年人死亡的主要原因之一, 老年人,无法治愈或预防,预计将对社会经济造成巨大的影响。 到本世纪中期,我们的社会将面临更大的负担。尽管已经做出了重大努力, 揭示早发性AD的遗传学,即更常见的晚发性AD的遗传基础, 疾病的真相等待发现。因此,本提案的总体目标是确定 新的基因和/或生物化学途径的晚发性AD(LOAD)使用单体型为基础的 Nafikov博士及其同事开发的基于谱系的变异优先排序方法 分析.因为单倍型可以评估多种罕见遗传因素的联合作用, 变异,最近牵连在复杂的疾病,如负载,提出的分析 这种方法将测试这些变异在疾病发展中的作用。首先,基于单体型 将在已定义的连锁区域内进行变异优先排序, AD测序项目(ADSP)。将进一步优先考虑潜在AD风险变体列表 利用生物信息学和组学综合分析。第二,复制分析和 将使用单倍型对所有可用ADSP样本中的结果进行整合 在ADSP样品的亚组中感兴趣的基因组区域内的关联分析, 随后进行可能的亚组Meta分析。纳菲科夫博士的研究活动将 有助于实现父母奖的以下目标:目标1:充分表征已知的AD位点 并通过利用全方位的遗传变异来识别AD的新的保护性和风险变异, WGS显示的变异性,包括单核苷酸多态性,小 插入/缺失和结构变体,以及目的3:为了功能性地表征基因,基因 网络和系统,通过生物信息学和组学综合分析,以确定推定的 治疗目标该奖项的培训活动将在大学举行, 华盛顿,师从国际知名的Ellen Wijsman博士 统计学和人类遗传学专家。Nafikov博士有生物化学的背景, 统计学,但将在人类和统计遗传学培训。的培训部分 奖项将包括参加统计研讨会、会议和研讨会 遗传学、神经生物学和衰老生物学。 1

项目成果

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    $ 11.27万
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知道了