虽然三类RNase H的氨基酸序列没有同源性，但空间结构都含有RNase H结构域，都能水解RNA/DNA双链的RNA链。其中最为特别的是只有RNase HII能够酶切DNA-rN-DNA/DNA双链。从蛋白结构上看，RNase HII比HI多一个C-端结构域、比RNase HIII少一段N-端序列、以及依据生物信息学预测的其它差异。依据这些线索，用基因工程技术构建肺炎衣原体RNase HII各种突变株，包括在N-端融合RNase HIII的N-端序列、删除RNase HII 的C-端结构域、定点突变活性中心及C-端结构域的相关残基等。然后以RNA/DNA双链、DNA-rN-DNA/DNA双链作为底物，测定这些突变体的RNase H和RNase HII活性。从而确定RNase HII酶切含有单一核糖核苷酸DNA双链的结构基础。