核酸化学修饰偶联和光交联新技术在非编码RNA研究中的应用
批准号:
91440115
项目类别:
重大研究计划
资助金额:
100.0 万元
负责人:
张必良
依托单位:
学科分类:
分子生物物理
结题年份:
2017
批准年份:
2014
项目状态:
已结题
项目参与者:
克雷格·梅洛、王玮、尹梦回、任晓帅、胡俊杰、王国新、熊微
中文摘要
人类基因组中编码蛋白质的基因只占不到2%,至今发现至少80%人类基因具有生物学功能,而多达90%的基因组DNA转录为RNA,其中绝大多数为非编码RNA。研究表明,非编码RNA几乎参与调节生命的所有过程,并且许多重大疾病与非编码RNA的异常表达有关,但至今对非编码RNA的发现和研究仅局限于冰山一角,迫切需要突破性的新技术和新方法应用于非编码RNA研究。本项目基于“光交联”、“点击”化学、锁核酸和靶向修饰等四项核酸关键技术,开发非编码RNA (CLIP、CLIP-seq、RIP-seq)、蛋白与非编码RNA相互作用、非编码RNA特别是lncRNA定位、功能等研究新方法,为非编码RNA研究提供有力工具。
英文摘要
Up to now, it has found only 2% protein-coding genes in the human genome, but 80% human genes have a biological function, and up to 90% DNA of the genome transcribed into RNA, majority of which are non-coding RNAs. Studies have shown that non-coding RNA involved in regulating the almost all life processes, as well as the abnormal expression of non-coding RNA is associated with many major diseases. But so far the functions and roles of non-coding RNA just is the tip of iceberg, desperately needs new tools and technologies for the breakthrough research of non-coding RNA. This project is based on the core technologies of "photo-crosslinking", "Click" chemistry, locked nucleic chemistry (LNA) and nucleic acid conjugation chemistry,to develop methods of non-coding RNA research tools (such as CLIP, CLIP-seq and RIP-seq), the interactions of non-coding RNA and RNA-binding proteins, non-coding RNA localization and functions in cell.
非编码RNA的发现和功能研究刚刚开始,迫切需要开展新技术、新方法研究。本项目以“开发非编码RNA研究新技术、新方法”为目标,基于“光交联”、“点击”化学、锁核酸、核酸修饰和偶联等核酸化学技术,开发非编码RNA的研究新技术,包括:RNA-蛋白相互作用检测新方法(非放射性标记CLIP、CLIP-seq)、RNA结合蛋白高通量鉴定技术RICK、增强的lncRNA的荧光原位探针和抑制剂以及蛋白-RNA新光交联剂开发等;在项目的实施过程中,我们开发了非放射性RNA标记的光催化核糖核苷增强交联和免疫沉淀法(PAR-CLIP)新方法,该方法利用“点击”化学将插入新生RNA的EC标记荧光、生物素等可识别的分子,简化了PAR-CLIP方法的步骤并且安全可靠;通过利用“点击”化学将新生插入EU核苷的RNA标记生物素进行RNA蛋白复合物分离纯化,开发了高通量鉴定RNA结合蛋白的RICK(RNA Interactome using ClicK chemistry)方法。该方法可以高效、准确的鉴定所有类型的新生RNA结合蛋白,通过该方法成功鉴定了295个尚未报道的全新RNA结合蛋白。目前基于“光交联”的RNA蛋白结合研究技术正在进一步开展中。通过本研究开发的创新方法为研究蛋白与非编码RNA之间的相互作用、非编码RNA在细胞和组织中的定位和功能以及非编码RNA与结合蛋白的调控网络和作用机制研究提供有力工具和技术支持。
期刊论文列表
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专利列表
Capturing the interactome of newly transcribed RNA.
捕获新转录 RNA 的相互作用组
DOI:
10.1038/nmeth.4595
发表时间:
2018-03
期刊:
Nature methods
影响因子:
48
作者:
[Bao X, Guo X, Yin M, Tariq M, Lai Y, Kanwal S, Zhou J, Li N, Lv Y, Pulido-Quetglas C, Wang X, Ji L, Khan MJ, Zhu X, Luo Z, Shao C, Lim DH, Liu X, Li N, Wang W, He M, Liu YL, Ward C, Wang T, Zhang G, Wang D, Yang J, Chen Y, Zhang C, Jauch R, Yang YG, Wang Y, Qin B, Anko ML, Hutchins AP, Sun H, Wang H, Fu XD, Zhang B, Esteban MA]
通讯作者:
Esteban MA
DOI:
10.1038/nmeth.4595
发表时间:
2018
期刊:
Nature Methods
影响因子:
作者:
[Xichen Bao, Xiangpeng Guo, Menghui Yin, Muqdas Tariq, Yiwei Lai, Shahzina Kanwal, Jiajian Zhou, Na Li, Yuan Lv, Carlos Pulido-Quetglas, Xiwei Wang, Lu Ji, Muhammad J. Khan, Xihua Zhu, Zhiwei Luo, Changwei Shao, Do-Hwan Lim, Xiao Liu, Nan Li, Wei Wang, Minghui He, Yu-Lin Liu, C]
通讯作者:
C
化学小分子探针用于研究信号转导过程的细胞增殖和凋亡
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批准号:90913017
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项目类别:重大研究计划
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资助金额:50.0万元
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批准年份:2009
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负责人:张必良
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依托单位:
RNA的功能-核糖体肽基转移反应的机理研究
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批准号:30870535
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项目类别:面上项目
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资助金额:34.0万元
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批准年份:2008
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负责人:张必良
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依托单位:
国内基金
海外基金