RNA编辑影响RNA二级结构介导可变剪接的调控机制研究
批准号:
31270844
项目类别:
面上项目
资助金额:
80.0 万元
负责人:
金勇丰
依托单位:
学科分类:
生物学过程与代谢
结题年份:
2016
批准年份:
2012
项目状态:
已结题
项目参与者:
杨赟、张文静、李国丽、王文峰、金文涛、王学斌、张鹏、岳媛、刘宝平
中文摘要
我们通过RNA补偿突变表明以非编码RNA二级结构基础的联合机制在14-3-3ξ, Dscam等基因的互斥可变剪接中的指导作用(Yang等, Nat Struct Mol Biol, 2011)。有趣的是,我们发现有些RNA二级结构发生A至I RNA编辑,从而影响RNA配对竞争而导致剪接体的比例发生改变。在此基础上,通过缺失和补偿突变技术,进一步分析A至I RNA编辑影响RNA二级结构竞争效应的动态,应用ADAR-/ADAR-突变体、RNAi和过度表达技术,深入分析RNA编辑对互斥可变剪接及相关性状的调控作用,探明A至I RNA编辑影响互斥剪接的分子机制,对从多层次阐明RNA二级结构介导的可变剪接调控具有重要意义。
英文摘要
Mutation-based rescue experiments indicate that combined mechanism based on the non-coding RNA secondary structure to direct the mutually exclusive splicing events occur in genes like 14-3-3ξ, Dscam and so on (Yang et al, Nat Struct Mol Biol, 2011). More interestingly, A-to-I RNA editing event was also identified in some of these RNA secondary structures; therefore it may affect the pairing pattern of the particular RNA duplex to achieve more spliced variants within the cell in a spatial and temporal manner. Based on this finding, by deletion and compensatory mutations, we will further investigate the mechanism how A-to-I RNA editing to direct novel RNA secondary structure formation. With the help of ADAR-/ADAR- mutant, RNAi and overexpression analysis, it would be much easier to understand the molecular mechanism of A-to-I RNA editing that affect mutually exclusive splicing events. It would be of great significance to clarify the regulatory mechanism of RNA secondary structure-mediated alternative splicing.
RNA可变剪接和编辑是产生蛋白质多样性的两种重要途径,我们通过比较基因组学结合实验阐明了MRP1,Srp,Dscam等非编码RNA竞争二级结构指导互斥剪接的功能,发现在Srp, Dscam基因中外显子4、9发现存在进化保守的双向RNA二级结构,提出了双向竞争性RNA二级结构调控RNA互斥可变剪接的新模型,发现了可产生高度多样性的Dscam新基因和可变外显子选择机制的新模型,揭示了通过空间位阻和动态RNA结构联合调控Dscam 外显子簇17可变互斥剪接的机制,通过RNA-seq和比较分析等方法发现A至I RNA编辑位点,阐明RNA编辑通过二级结构介导与互斥可变剪接相互影响的可能分子机制;开展了用人工特异性RNA内切酶逆转相关基因的异常剪接来治疗1型强直性肌营养不良症研究,对从多层次理解转录后基因表达调控和以及疾病防治提供了线索和依据。部分研究工作已发表在Nat Commun,RNA 等国内外著名期刊上。培养硕士研究生4名、博士研究生4名,博士后2名。
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DOI:
--
发表时间:
2014
期刊:
中国科学:生命科学
影响因子:
--
作者:
[杨赟, 周辛欣, 尹姮, 金勇丰]
通讯作者:
金勇丰
Long-range RNA pairings contribute to mutually exclusive splicing.
长程 RNA 配对有助于互斥剪接
DOI:
10.1261/rna.053314.115
发表时间:
2016-01
期刊:
RNA (New York, N.Y.)
影响因子:
--
作者:
[Yue Y, Yang Y, Dai L, Cao G, Chen R, Hong W, Liu B, Shi Y, Meng Y, Shi F, Xiao M, Jin Y]
通讯作者:
Jin Y
DOI:
--
发表时间:
2013
期刊:
Science China Life Sciences
影响因子:
作者:
[Yun Yang, Xinxin Zhou, Yongfeng Jin, ]
通讯作者:
Regulation of Dscam exon 17 alternative splicing by steric hindrance in combination with RNA secondary structures
通过空间位阻与 RNA 二级结构相结合调节 Dscam 外显子 17 选择性剪接
DOI:
10.4161/rna.27176
发表时间:
2013-11
期刊:
RNA Biology
影响因子:
4.1
作者:
[Huawei Pan, Ran Chen, Feng Shi, Yongfeng Jin]
通讯作者:
Yongfeng Jin
A large family of Dscam genes with tandemly arrayed 5' cassettes in Chelicerata.
Chelicerata 中具有串联排列的 5' 盒的 Dscam 基因大家族
DOI:
10.1038/ncomms11252
发表时间:
2016-04-15
期刊:
Nature communications
影响因子:
16.6
作者:
[Yue Y, Meng Y, Ma H, Hou S, Cao G, Hong W, Shi Y, Guo P, Liu B, Shi F, Yang Y, Jin Y]
通讯作者:
Jin Y
共 7 条
ADAR对Dscam复杂可变剪接的调控功能和作用机制
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批准号:Z25C050006
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项目类别:省市级项目
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资助金额:0.0万元
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批准年份:2025
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负责人:金勇丰
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依托单位:
二斑叶螨类免疫球蛋白高度多样性形成机制和功能研究
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批准号:LD21C050002
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项目类别:省市级项目
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资助金额:0.0万元
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批准年份:2020
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负责人:金勇丰
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依托单位:
反义长链非编码RNA Dscam1AS 调控Dscam1可变剪接及其作用机制研究
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批准号:91740104
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项目类别:重大研究计划
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资助金额:100.0万元
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批准年份:2017
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负责人:金勇丰
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依托单位:
Dscam转录本5'端高度多样性的发现和调控机制及其功能研究
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批准号:31630089
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项目类别:重点项目
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资助金额:269.0万元
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批准年份:2016
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负责人:金勇丰
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依托单位:
竞争RNA二级结构调控互斥可变剪接的新机制研究
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批准号:31430050
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项目类别:重点项目
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资助金额:330.0万元
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批准年份:2014
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负责人:金勇丰
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依托单位:
非编码RNA竞争配对控制互斥剪接假说的证实和后续研究
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批准号:31071148
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项目类别:面上项目
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资助金额:35.0万元
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批准年份:2010
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负责人:金勇丰
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依托单位:
RNA编辑影响miRNA形成和表达调控功能的研究
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批准号:30770469
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项目类别:面上项目
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资助金额:30.0万元
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批准年份:2007
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负责人:金勇丰
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依托单位:
真核生物mRNA 3'末端poly(A)前非模板核苷酸序列信息的发现、形成机制及功能研究
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批准号:90508007
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项目类别:重大研究计划
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资助金额:40.0万元
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批准年份:2005
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负责人:金勇丰
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依托单位:
新发现的小麦小孢子特异性表达的β-expansin 基因功能研究
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批准号:30370759
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项目类别:面上项目
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资助金额:20.0万元
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批准年份:2003
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负责人:金勇丰
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依托单位:
蚕表达CTB与胰岛素融合蛋白及其抗I型糖尿病功能研究
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批准号:30270756
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项目类别:面上项目
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资助金额:7.0万元
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批准年份:2002
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负责人:金勇丰
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依托单位:
桃ACC 合成酶和ACC 氧化酶基因分子生物学研究
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批准号:39870502
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项目类别:面上项目
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资助金额:8.0万元
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批准年份:1998
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负责人:金勇丰
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依托单位:
国内基金
海外基金