课题基金 / 基金详情

基于比较基因组学的方法搜索细菌外源基因池

批准号：
30700013
项目类别：
青年科学基金项目
资助金额：
16.0 万元
负责人：
欧竑宇
依托单位：
上海交通大学
学科分类：
微生物遗传与生物合成
结题年份：
2010
批准年份：
2007
项目状态：
已结题
项目参与者：
贺新义、吴俊、李燕、李力、王鹏、张维克
关键词：
比较基因组分析水平基因转移基因组岛细菌基因组多样性

项目摘要

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项目成果

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中文摘要
比较基因组分析揭示了细菌基因组的多样性，同个种内不同菌株的染色体除了拥有保守骨架外，还有一些菌株特异的、通过水平转移获得的基因组岛。岛上所携带的外源基因有助于维持细菌在特定生态环境中获得优势。本项目结合生物信息学和分子实验技术搜索细菌新基因组岛，快速挖掘外源基因池。通过序列比较分析识别已测序菌株基因组岛插入的位点；基于这些位点两侧保守骨架，采用PCR方法搜索和确定临床菌株中新基因组岛；利用酵母捕捉载体克隆和测序新岛，分析岛上重要基因的功能。以医源性感染最重要的条件致病菌之一肺炎克雷伯菌为研究对象，为高通量搜索和确定肠杆菌科中克雷伯菌属-肠杆菌属-沙雷菌属的外源基因池奠定基础。外源基因池的建立将有助于更为深入地理解细菌基因组多样性和基因水平转移机制，为阐明致病分子机理和抗生素抗性传播机制积累数据。
英文摘要
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会议论文列表
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ATPase genes of diverse multidrug-resistant Acinetobacter baumannii isolates frequently harbour integrated DNA
多种多重耐药鲍曼不动杆菌分离株的 ATP 酶基因经常含有整合的 DNA
DOI： 10.1093/jac/dkn481
发表时间： 2009-02-01
期刊： JOURNAL OF ANTIMICROBIAL CHEMOTHERAPY
影响因子： 5.2
作者： [Shaikh, Farha, Spence, Richard P., Rajakumar, Kumar]
通讯作者： Rajakumar, Kumar
Identification of Streptococcus gallolyticus subsp. macedonicus as the etiological agent in a case of culture-negative multivalve infective endocarditis by 16S rDNA PCR analysis of resected valvular tissue
溶没食子链球菌亚种的鉴定。
DOI： --
发表时间： --
期刊： J Heart Valve Dis
影响因子： --
作者： [M. Khare, N. Perera, P. S. Bhasker, Z. Deng, K. Rajakumar, I. Stephenson, J. Malkin, P. T. Kimmitt, A. W. Sosnowski, H. Y. Ou]
通讯作者： H. Y. Ou
TADB: a web-based resource for Type 2 toxin-antitoxin loci in bacteria and archaea.
DOI： 10.1093/nar/gkq908
发表时间： 2011-01
期刊： Nucleic acids research
影响因子： 14.9
作者： [Shao Y, Harrison EM, Bi D, Tai C, He X, Ou HY, Rajakumar K, Deng Z]
通讯作者： Deng Z
Expansion of the known Klebsiella pneumoniae species gene pool by characterization of novel alien DNA islands integrated into tmRNA gene sites.
DOI： 10.1016/j.mimet.2010.12.016
发表时间： 2011-02
期刊： Journal of microbiological methods
影响因子： 2.2
作者： [Jie Zhang;J. van Aartsen;Xiaofei Jiang;Yucheng Shao;Cui Tai;Xinyi He;Zhi-lei Tan;Z. Deng;S. Jia;K. Rajakumar;Hong-Yu Ou]
通讯作者： Jie Zhang;J. van Aartsen;Xiaofei Jiang;Yucheng Shao;Cui Tai;Xinyi He;Zhi-lei Tan;Z. Deng;S. Jia;K. Rajakumar;Hong-Yu Ou
共 10 条
    tRNA基因启动子起动整合性接合元件ICEKp1整合酶转录的机制研究
    • 批准号：
      32070572
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      58.0万元
    • 批准年份：
      2020
    • 负责人：
      欧竑宇
    • 依托单位：
      上海交通大学
    肺炎克雷伯菌VI型分泌系统的功能及其基因水平转移的研究
    • 批准号：
      31670074
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      63.0万元
    • 批准年份：
      2016
    • 负责人：
      欧竑宇
    • 依托单位：
      上海交通大学
    卡特利链霉菌基因组挖掘: 巨型线性质粒与ε-聚赖氨酸合成
    • 批准号：
      31371261
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      100.0万元
    • 批准年份：
      2013
    • 负责人：
      欧竑宇
    • 依托单位：
      上海交通大学
    肺炎克雷伯菌基因组岛的功能研究与比较分析
    • 批准号：
      31170082
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      60.0万元
    • 批准年份：
      2011
    • 负责人：
      欧竑宇
    • 依托单位：
      上海交通大学
    国内基金
    海外基金