本项目紧密围绕脊椎动物进化和microRNA（miRNA）研究中的关键问题，从多学科交叉的角度系统地开展脊椎动物miRNA 基因起源与分子进化研究。利用生物信息学技术开发最原始脊索动物文昌鱼miRNA 基因的识别程序，构建文昌鱼EST数据库，克隆miRNA 并测序。在此基础上，通过文昌鱼及脊椎动物miRNA 基因结构特征的比较与分析，揭示脊椎动物miRNA 基因及基因家族的进化动力。同时我们分别进行了miRNA寄主基因的进化研究、人类选择性剪接基因的miRNA靶标分析、果蝇中重复元件与非重复元件序列上的miRNA靶位点特征研究、海鞘新miRNA基因的识别及其靶标预测。进一步对脊椎动物miRNA 基因及基因家族进行进化分析，探索脊椎动物miRNA 基因及基因家族的分子进化规律，揭示脊椎动物miRNA 基因起源与进化的可能机制。另外，本项目对文昌鱼先天免疫通路的中LITAF、GNBP、COMMD4、IKK、REL以及NFAT等基因，进行了克隆测序、表达模式以及进化功能分析，进一步完善了文昌先天性免疫的研究工作。本项目的完成对揭示miRNA 基因的起源与进化机制及其在RNA 调控体系中的规律和作用，以及为更深入地揭示RNA 调控体系的演化机制都具有重要的科学意义。