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无尾目两栖动物科级主干生命树的构建与生物地理学研究
结题报告
批准号:
31672266
项目类别:
面上项目
资助金额:
65.0 万元
负责人:
张鹏
依托单位:
学科分类:
C0402.动物系统与分类
结题年份:
2020
批准年份:
2016
项目状态:
已结题
项目参与者:
梁丹、陈晓红、张少倩、车立衡、何充、李江妮
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中文摘要
无尾目两栖动物(蛙类)包含了55科、6600多种,是陆生脊椎动物中物种数量最多的类群之一。阐明蛙类动物不同分类单元间的系统发育关系,既是我们了解蛙类丰富生物多样性、合理利用资源的基础,也是指导相关生物学研究开展的关键基础知识。蛙类动物进化历程时间跨度大,要可靠解析蛙类主干生命树,需要分析大量的数据,然而目前相关研究分析基因的数量不超过12个,所得结果的可靠性也很低。针对这一问题,本项目拟利用我们近期开发的102个脊椎动物高通用性核基因标记,以蛙类科级分类单元为目标,通过系统发育基因组学分析构建高解析度的蛙类主干生命树,为蛙类科级分类单元间、以及部分主要的亚科分类单元间提供可靠的系统发育关系与分歧时间假说。并以此为基础,开展蛙类的生物地理学研究,研究蛙类各主要类群的早期起源地点与扩散方式,从生物地理的角度研究盘古大陆、劳亚大陆与冈德瓦纳大陆在中生代与新生代的分裂过程。
英文摘要
Living frogs (Amphibia: Anura) comprise over 6,600 recognized species, currently assigned into 55 families. They are one of the most diverse groups of living vertebrates. A robust, reliable phylogeny concerning the relationships among different anuran taxonomic units is not only the basic for our understanding to the huge biodiversity of frogs, but also is essential to address fundamental issues of morphological, developmental, and biogeographical evolution of these animals. The time span for frog evolution is big, which makes it difficult to address their deep evolutionary relationships. To reliably resolving the backbone phylogeny of frogs, analyzing a large number of genes is needed. However, the number of molecular markers that can be applied in anuran phylogenetics is currently small (not more than 12), consequently the resolution of the frog tree is poor. To address this problem, we plan to use the 102 vertebrate-universal nuclear markers recently developed by our lab, to construct a robust hypothesis on deep anuran phylogenetic relationships, as well as to estimate divergence times of the main anuran lineages by large-scale data analysis. In addition, we will perform a biogeographic analysis for frogs, based on the newly obtained phylogeny and divergence times, to study the breakup of Pangea, Laurasia, and Gondwana during the period of Mesozoic and Cenozoic.
无尾目两栖动物(蛙类)包含了55科、6600多种,是陆生脊椎动物中物种数量最多的类群之一。阐明蛙类动物不同分类单元间的系统发育关系,既是我们了解蛙类丰富生物多样性、合理利用资源的基础,也是指导相关生物学研究开展的关键基础知识。本项目利用我们近期开发的95个脊椎动物高通用性核基因标记,构建了目前国际最全面精确的蛙类生命树,阐明了现生蛙类两栖动物主要类群的进化历史,揭示了白垩纪生物大灭绝事件对全球生物演化的影响,这是近年来蛙类两栖动物系统进化研究的里程碑式的成果。在本项目支持下,我们还利用类似的技术研究了现生甲虫的进化历史,揭示了鞘翅目昆虫物种多样化与被子植物的兴起密切相关,也成为了近年来甲虫系统进化研究中最具影响力的文章,为ESI高被引文章。我们的研究还发现高强度的净化选择在特定条件下会影响系统发育推断的准确性,揭示了非编码序列在解析快速进化问题时优于编码序列的原因,对未来的系统发育基因组学分析提供了新的分析思路。在其他动物类群的系统进化研究中,我们构建了姬蛙科两栖动物最全面的系统进化图谱,发现非洲大陆为现代姬蛙的起源中心,为姬蛙类的分类研究提供了重要的进化框架。4年来,在本项目的资助下共发表SCI论文6篇,分别发表在进化生物学的国际知名期刊PNAS(1篇)、NC(1篇)、MBE(1篇)、MER(1篇)、MPE(1篇)、GBE(1篇)上,均为第一资助,其中3篇论文的影响因子大于10,积累影响因子在50分左右。总结来说,我们已经出色地完成了项目所设定的全部研究目标。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
DOI:doi:10.1093/gbe/evx147
发表时间:2017
期刊:Genome Biology and Evolution
影响因子:3.3
作者:MengYun Chen;Dan Liang;Peng Zhang
通讯作者:Peng Zhang
Genome-wide survey of nuclear protein-coding markers for beetle phylogenetics and their application in resolving both deep and shallow-level divergences
甲虫系统发育核蛋白编码标记的全基因组调查及其在解决深层和浅层分歧中的应用
DOI:10.1111/1755-0998.12664
发表时间:2017-11-01
期刊:MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES
影响因子:7.7
作者:Che, Li-Heng;Zhang, Shao-Qian;Zhang, Peng
通讯作者:Zhang, Peng
Phylogenomic Resolution of the Phylogeny of Laurasiatherian Mammals: Exploring Phylogenetic Signals within Coding and Noncoding Sequences.
劳亚兽哺乳动物系统发育的系统发育解析:探索编码和非编码序列中的系统发育信号
DOI:10.1093/gbe/evx147
发表时间:2017-08-01
期刊:Genome biology and evolution
影响因子:3.3
作者:Chen MY;Liang D;Zhang P
通讯作者:Zhang P
A large-scale phylogeny of Microhylidae inferred from a combined dataset of 121 genes and 427 taxa
从 121 个基因和 427 个类群的组合数据集中推断出的大规模 Microhylidae 系统发育
DOI:10.1016/j.ympev.2018.03.036
发表时间:2018
期刊:Molecular Phylogenetics and Evolution
影响因子:4.1
作者:Tu Na;Yang MengHua;Liang Dan;Zhang Peng
通讯作者:Zhang Peng
Evolutionary history of Coleoptera revealed by extensive sampling of genes and species.
通过基因和物种的广泛采样揭示鞘翅目进化史
DOI:10.1038/s41467-017-02644-4
发表时间:2018-01-15
期刊:Nature communications
影响因子:16.6
作者:Zhang SQ;Che LH;Li Y;Dan Liang;Pang H;Ślipiński A;Zhang P
通讯作者:Zhang P
基于基因组数据自动化分析为后生动物类群大规模开发扩增子捕获探针的实现
  • 批准号:
    32370477
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    50万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
同步辐射X射线散射和吸收谱联用原位研究PEDOT纳米杂化材料的控制合成机制
  • 批准号:
    U2032101
  • 项目类别:
    联合基金项目
  • 资助金额:
    60.0万元
  • 批准年份:
    2020
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
基于多基因分析的脊椎动物通用环境DNA metabarcoding检测技术的开发与应用
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    --
  • 资助金额:
    58万元
  • 批准年份:
    2020
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
基于同步辐射掠入射X射线散射的聚合物杂化金纳米粒子溶液成膜过程研究
  • 批准号:
    11905306
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    30.0万元
  • 批准年份:
    2019
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
新的简化基因组捕获技术的开发及其在湍蛙属物种系统关系解析上的应用
  • 批准号:
    31872205
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    60.0万元
  • 批准年份:
    2018
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
基于社会网络分析技术对猕猴社会结构的量化研究
  • 批准号:
    31470456
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    86.0万元
  • 批准年份:
    2014
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
基于多核基因标记的有尾目两栖动物系统发育基因组学研究
  • 批准号:
    31372172
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    83.0万元
  • 批准年份:
    2013
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
海南猕猴群内冲突、和解及其社会稳定机制的研究
  • 批准号:
    31270442
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    85.0万元
  • 批准年份:
    2012
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
眼镜蛇与版纳鱼螈Hox基因簇的解析与进化基因组学分析
  • 批准号:
    31172075
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    63.0万元
  • 批准年份:
    2011
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
秦岭川金丝猴重层社会系统的研究
  • 批准号:
    31000175
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    24.0万元
  • 批准年份:
    2010
  • 负责人:
    张鹏
  • 依托单位:
国内基金
海外基金