采用宏基因组方法探究水体生态系统中浮游生物群落遗传多样性与其环境理化因子的关系。以湖泊演替中三种类型，即草、藻型湖泊及草－藻混合型湖泊为对象，对不同时空所收集的目标水体样本平行进行：⑴ 重金属、水文及富营养化等生态环境指示性参数的测定；⑵ 浮游生物群落遗传多样性的RAPD、RCR-DGGE/TGGE/SSCP等指纹分析；在比较分析所获不同时空样本特征结构的基础上，整合分析浮游生物群落宏基因组信息与环境理化因子，建立相互关系模型。本项研究不但有可能从大分子水平阐释目标水体生态系统中浮游生物与环境因子的关系，并可外推至大空间尺度、大时间尺度（如历史样本）及不同类型的水体生态系统，通过比较分析相同（或相似）系统误差下的数据以期探讨并揭示水体生态学的一般性规律。