采用构建细菌16S rDNA克隆文库、PCR-DGGE指纹分析技术和高通量宏基因组测序技术等分析手段对不同生长阶段、不同生境、不同食物组成的草鱼消化道微生物群落结构和功能进行了分析。项目基本按照预期计划开展，完成了项目申请书中的研究内容，并将高通量宏基因组测序技术引入到鱼类消化道微生物群落结构和功能的分析。取得的主要成果有：（1）阐明了草鱼消化道微生物群落结构组成，发现其中的优势种群为厚壁菌门、变形菌门和梭杆菌门；（2）发现影响草鱼消化道微生物群落结构的因素包括生境、充塞度（表征饥饿情况）、食物组成以及草鱼消化道位置；（3）发现池塘养殖草鱼消化道微生物群落中酸杆菌门和放线菌门的比例显著降低；（4）发现池塘饲喂黑麦草养殖的草鱼消化道微生物群落中与多糖代谢、脂肪酸代谢和氨基酸代谢相关的基因比例明显增加。以上研究系统地分析了环境及草鱼本身因素对草鱼消化道微生物群落结构和功能的影响，研究成果将为其他鱼类的相关研究提供借鉴，并为开发有益微生物、草鱼养殖及饲料研发等提供重要基础材料。