皮毛颜色是山羊绒、毛、羔皮及裘皮的重要质量性状，也是识别个体、血液系统和品种归属的重要标志之一。Agouti基因和黑素细胞刺激素受体（MSHR）基因是控制动物皮毛颜色的重要候选基因，本项研究选择具有明显毛色区分的陕南白山羊（白色）、雷州山羊（黑色）、成都麻羊（棕褐色）、济宁青山羊（青灰色）和波尔山羊（头颈棕红、黑蹄，其余为白色被毛）及其有详细系谱记录资料的级进杂交改良后代为研究对象，利用比较基因组学和生物信息学的研究方法，进一步测定山羊Agouti 基因和MSHR 基因序列并研究其变异，探讨其变异位点的遗传学效应以及在我国地方山羊品种、培育品种和引入品种中的分布，其研究结果将对进一步阐明山羊毛色遗传的分子遗传学机制以及正确指导山羊品种的选育与改良具有重要的理论和实践意义，同时为我国地方山羊品种群体遗传结构、遗传分化以及遗传多样性研究提供科学依据。