口腔鳞状细胞癌（oral squamous cell carcinoma, OSCC）是常见的人类恶性肿瘤之一，其五年生存率只有大约50%。已有多条细胞信号通路被认为与OSCC相关联，其中，Toll样受体通路相关的一系列蛋白已被证实与OSCC的发生发展密切相关。然而到目前为止，Toll样受体通路相关基因其多态性的存在对OSCC易感性的影响仍不明确。关于基因多态性和疾病易感性相关性的研究，目前主要集中在探讨基因编码区的SNPs位点对疾病易感性的影响。对于基因非编码区的SNPs位点与疾病易感性关系的研究仍非常有限，机制至今不明。.在本研究中，我们综合运用多种生物信息学方法，来筛选与OSCC相关的Toll样受体通路基因的microRNA靶点区上的单核苷酸多态性位点（SNPs）。通过该方法，我们初步纳入了90个OSCC相关的Toll样受体通路基因上的相关SNP位点，最终筛选出16个候选SNP位点进行后续分析。在对这16个候选SNP位点进行人群队列研究后，发现了位于TRAF6基因3’UTR区的SNP位点rs5030486，与OSCC易感性有显著性关联。研究结果显示，rs5030486位点的AG基因型有可能降低OSCC的发病风险，同时，该基因型有可能降低OSCC的复发风险。此外，我们检测了24例OSCC患者外周血单核细胞中TRAF6的mRNA表达水平，结果显示，携带rs5030486位点不同基因型的OSCC患者其外周血中的TRAF6表达量有显著性差异，这提示我们该SNP位点可能通过改变mRNA表达水平来影响OSCC的易感性。.综上，本研究通过先进的生物信息学筛查手段，及随后的人群队列研究，发现了位于TRAF6基因microRNA靶点区上的SNP位点rs5030486与OSCC的发生发展可能存在相关性。这一结果有助于进一步阐明非编码区SNP位点影响疾病易感性的潜在机制，同时提示我们，该SNP位点可作为OSCC诊断和预后判断的新的候选分子靶标。此外，我们也对研究疾病相关基因的microRNA靶点区SNP的筛选提供了一种新的生物信息学探索模式。