选择生态环境特殊和适应模式多样的红树植物为对象，系统深入地研究在海岸潮间带极端环境下植物适应和物种形成的基因组水平模式与机制。利用大规模测序、基因芯片和实时定量PCR等技术，筛选特定基因并检测其在居群水平的分子变异，检测在红树植物生态适应和物种形成过程中各种进化力量作用的式样；开展红树植物抗盐性（包括泌盐、拒盐、和聚盐）的比较基因组学研究，比较盐胁迫下特定基因在不同红树植物中的表达谱差异，阐明红树植物在适应高盐环境的过程中物种分化的模式及其进化意义；检测红树植物自然杂种带中强化发生的证据；检验异域与邻域物种形成模型在红树植物物种分化中的作用。在基因型、转录谱和表现型三个层次上全面认识遗传变异在红树植物耐盐生态适应性过程中的功能重要性，从基因组水平系统理解和阐明红树植物在海岸潮间带极端环境下适应和物种形成的遗传基础和分子机制。