用流式分拣技术从玉米中分拣单一染色体，用乙酰化组蛋白H3和H4 等的抗体对分拣的染色体进行免疫标记分析，研究不同染色体不同位置上组蛋白的修饰特性和结合位点。同时在分拣的染色体上进行DNA甲基化原位分析，揭示DNA甲基化在整个染色体上的分布，和异、常染色质、组蛋白乙酰化的关系。用乙酰化组蛋白H3和H4 等的抗体对细胞核进行免疫标记分析，研究异、常染色质上组蛋白的修饰特性。用FISH对一些功能基因如在植物根模式形成中起重要作用的SCARECROW基因、发育调控基因DAD1等在间期核中定位分析以确定他们和玉米异常染色质（中心和环）的位置关系以及和组蛋白乙酰化的联系，揭示和分析这些基因的染色体结构位置和功能的关系。蛋白质在染色体上的结合特异性研究不仅有利于阐明染色体结构，而且可以了解染色体不同区域基因的表达调控特点。实际上只有把染色体蛋白质与DNA结合起来研究才能获得对染色体结构与功能的全面认识。