jMOTU and Taxonerator: turning DNA Barcode sequences into annotated operational taxonomic units.
jMOTU and Taxonerator: turning DNA Barcode sequences into annotated operational taxonomic units.
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JMOTU和分类器：将DNA条形码序列变成带注释的操作分类单元。
DOI：
10.1371/journal.pone.0019259
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发表时间：
2011-04-25
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Blaxter M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jones M;Ghoorah A;Blaxter M
用于调查和评估生物多样性的 DNA 条形码和其他基于 DNA 序列的技术需要明确的方法将个体序列与分类单元关联起来，因为生物多样性是在分类单元水平上进行评估的。对于许多项目来说，所需的生物信息学分析给那些主要专业知识不是生物信息学的实验室带来了问题。将序列聚类为分子操作分类单元 (MOTU) 以及将这些 MOTU 与已知的生物分类学相关联都需要用户友好的工具。在这里，我们介绍 jMOTU，这是一个用于分析 DNA 条形码数据集的 Java 程序，它使用明确的确定算法来定义 MOTU。我们证明了它对于基于个体样本的桑格测序调查和使用长读长下一代测序数据的整体环境宏遗传调查的有用性。 jMOTU通过图形用户界面驱动，可以在桌面计算机上短时间内分析数万个序列。还介绍了一个配套程序 Taxonerator，它向 MOTU 添加了传统的分类注释。聚类和分类注释数据存储在关系数据库中，因此适合后续数据挖掘和网络呈现。 jMOTU 有效且稳健地识别调查数据集中存在的分子分类群，Taxonerator 通过假定的识别来装饰 MOTU。 jMOTU 和 Taxonerator 可从 http://www.nematodes.org/ 免费获取。
DNA barcoding and other DNA sequence-based techniques for investigating and estimating biodiversity require explicit methods for associating individual sequences with taxa, as it is at the taxon level that biodiversity is assessed. For many projects, the bioinformatic analyses required pose problems for laboratories whose prime expertise is not in bioinformatics. User-friendly tools are required for both clustering sequences into molecular operational taxonomic units (MOTU) and for associating these MOTU with known organismal taxonomies. Here we present jMOTU, a Java program for the analysis of DNA barcode datasets that uses an explicit, determinate algorithm to define MOTU. We demonstrate its usefulness for both individual specimen-based Sanger sequencing surveys and bulk-environment metagenetic surveys using long-read next-generation sequencing data. jMOTU is driven through a graphical user interface, and can analyse tens of thousands of sequences in a short time on a desktop computer. A companion program, Taxonerator, that adds traditional taxonomic annotation to MOTU, is also presented. Clustering and taxonomic annotation data are stored in a relational database, and are thus amenable to subsequent data mining and web presentation. jMOTU efficiently and robustly identifies the molecular taxa present in survey datasets, and Taxonerator decorates the MOTU with putative identifications. jMOTU and Taxonerator are freely available from http://www.nematodes.org/.
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DOI：
10.1098/rsbl.2003.0025
发表时间：
2003-08-07
影响因子：
4.7
作者：
Hebert, PDN;Ratnasingham, S;deWaard, JR
通讯作者：
deWaard, JR
影响因子：
9.8
作者：
Hebert PD;Stoeckle MY;Zemlak TS;Francis CM
通讯作者：
Francis CM
影响因子：
12.3
作者：
Huse SM;Huber JA;Morrison HG;Sogin ML;Welch DM
通讯作者：
Welch DM
影响因子：
14.9
作者：
Pruesse E;Quast C;Knittel K;Fuchs BM;Ludwig W;Peplies J;Glöckner FO
通讯作者：
Glöckner FO
影响因子：
56.9
作者：
MAY, RM
通讯作者：
MAY, RM