BAC-based sequencing of behaviorally-relevant genes in the prairie vole.
BAC-based sequencing of behaviorally-relevant genes in the prairie vole.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0029345
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Thomas JW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McGraw LA;Davis JK;Thomas PJ;NISC Comparative Sequencing Program;Young LJ;Thomas JW
草原田鼠（Microtus ochrogaster）是研究社会行为的重要模式生物，但由于缺乏遗传和基因组资源，我们将该物种的基因和行为联系起来的能力受到限制。在这里，我们报告了基于bac的草原田鼠行为相关基因和侧翼区域的靶向测序。总共产生了6.4 Mb的非冗余或单倍型特异性序列组合，这些序列跨越了21个行为相关基因的部分或完整序列以及另外55个侧翼基因。基于1.7 Mb单倍型特异性序列的比对，13个位点的核苷酸多样性估计显示平均成对杂合性（8.4×10−3）。对草原田鼠行为相关基因编码的蛋白进行比较分析，鉴定出草原田鼠谱系特有的bbbb100个替代位点。最后，我们的测序数据表明，草原田鼠AVPR1A位点的重复可能起源于最近的至少105 kb的片段重复。总之，我们的研究结果为草原田鼠调节社会行为的一组高优先级候选基因的分子和遗传特征提供了必要的基因组资源。
The prairie vole (Microtus ochrogaster) is an important model organism for the study of social behavior, yet our ability to correlate genes and behavior in this species has been limited due to a lack of genetic and genomic resources. Here we report the BAC-based targeted sequencing of behaviorally-relevant genes and flanking regions in the prairie vole. A total of 6.4 Mb of non-redundant or haplotype-specific sequence assemblies were generated that span the partial or complete sequence of 21 behaviorally-relevant genes as well as an additional 55 flanking genes. Estimates of nucleotide diversity from 13 loci based on alignments of 1.7 Mb of haplotype-specific assemblies revealed an average pair-wise heterozygosity (8.4×10−3). Comparative analyses of the prairie vole proteins encoded by the behaviorally-relevant genes identified >100 substitutions specific to the prairie vole lineage. Finally, our sequencing data indicate that a duplication of the prairie vole AVPR1A locus likely originated from a recent segmental duplication spanning a minimum of 105 kb. In summary, the results of our study provide the genomic resources necessary for the molecular and genetic characterization of a high-priority set of candidate genes for regulating social behavior in the prairie vole.
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影响因子：
3
作者：
Aragona BJ;Wang Z
通讯作者：
Wang Z
影响因子：
1.9
作者：
Liu, Y;Curtis, JT;Wang, ZX
通讯作者：
Wang, ZX
影响因子：
10.7
作者：
Hellborg, L;Ellegren, H
通讯作者：
Ellegren, H
影响因子：
3.3
作者：
Kramer, K. M.;Carr, M. S.;Cushing, B. S.
通讯作者：
Cushing, B. S.
DOI：
10.1038/npp.2008.154
发表时间：
2009-05
期刊：
Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--